临床应用中草药治疗猪传染病时，应打破传统方剂的条条框框，根据临床症状及解剖病变，结合中草药的功效，参考现代药理研究成果，合理组方。在临床实践中将猪传染病分为两大类（败血症类和腹泻下痢类）进行组方。
败血症类
此类疾病如高致病性猪蓝耳病、呼吸系统综合征等，常常由两种以上病毒及/或细菌混合感染的形式出现，中药治疗此类疾病比西药有明显优势。
组方时以具有较强抗菌、抗病毒活性的清热解毒类药物为主药，可选黄连、黄柏、黄芩、金银花、连翘、栀子、蒲公英、板蓝根、穿心莲等为基础组方；
免疫抑制性疾病用黄芪；
高热者加柴胡、石膏、知母、生地、竹叶等；
消化道病变严重者加白头翁、秦皮等；
咳嗽重者加贝母、桔梗等；
呼吸困难者加杏仁、紫菀、马兜铃等；
便秘者加大黄、芒硝（单用或服用时加）等；
体虚泄泻者加茯苓、车前子等；
发病后期体质虚弱者加党参、白术等。
腹泻下痢类
常见的腹泻下痢有大肠杆菌病、猪痢疾、轮状病毒病、流行性腹泻和传染性胃肠炎等。治疗这类病时以黄连、白头翁、秦皮、黄柏为主药，茯苓、车前子等为辅药。
病毒性腹泻加黄芪、板蓝根、穿心莲等；
水泻症状重且时间长者加乌梅、诃子；
仔猪腹泻伴消化不良者加神曲、麦芽、山楂、莱菔子等；
体虚脱水者加党参、白术、黄芪。
