秋季大棚番茄进入苗期管理时期。菜农首先应注意的是番茄常见病茎基腐病、根腐病的发生，它们的症状在识别上容易混淆，所以用药上经常出现错误。
茎基腐病的症状是接近地面的根茎部位呈水浸状缢缩，茎秆变褐、萎蔫、枯死，拔出病苗后根系良好。这是因为高温、高湿，移栽时大水漫灌造成的。这种现象一般在平畦栽培的菜田里发生较重。高垄栽培地面稍干燥的地块发病较轻。
根腐病的症状与茎基腐病虽然都发生在苗子根部，但根腐病的发病部位在地下根基部，拔出病苗，根基部位发黑腐烂，根系变黄。根腐病的发生与种子带菌和表面施肥、土壤环境恶劣有关。连茬种植、用化肥补充底肥的地块发病重。
在防治用药上，茎基腐病在番茄移栽前须用600倍64％金雷药液育苗盘浸根10分钟；移栽后发病时，可用600倍金雷、克抗灵等药液淋灌植株。预防根腐病可用2.5％适乐时悬浮剂10毫升处理3公斤种子进行包衣；移栽发病后可用适乐时800倍液或甲基托布津600倍药液灌根。
