生产环境无公害
菌种厂、培养室、菇房或菇棚都应建在地势高，排灌方便，周边无工厂污染或垃圾场，远离畜禽舍、饲料库和厕所的地方。
原料无公害
栽培食用菌的各种原料，如棉子壳、秸秆、木屑、麸皮等应干燥、无霉变和虫蛀，也不能被污染或混入其他污染物。应用的化学药品如石膏、碳酸钙、尿素等应纯净，不能使用假冒伪劣产品。
培养料处理
一、培养料要高温发酵 栽培双孢菇、姬松茸、鸡腿菇等的培养料需进行高温发酵。高温发酵有一次发酵法和二次发酵法两种。为确保培养料的质量和提高食用菌产量，以采用二次发酵法为佳。二次发酵法是将培养料在室外堆积发酵，当堆内温度升至65℃时进行翻堆，发酵时间为12～15天，需翻堆3次，这一阶段叫前发酵。然后将经前发酵的培养料移入菇房，堆在床架上，关闭菇房门窗，用蒸汽或煤火增温，使菇房内温度在2～6小时升至62℃，并保持5～8小时，随后将温度降至50℃，再维持4～7天，此阶段叫后发酵。
二、培养料要高温灭菌 许多食用菌培养料须经高温灭菌才能栽培成功，如香菇、白灵菇、黄背木耳等。而培养料的高温灭菌又分常压灭菌和高压灭菌两种。常压灭菌就是将培养料放入蒸锅内，当锅内温度达到100℃时，保持12～16小时，利用高温达到灭菌目的；高压灭菌是将装好袋的培养料叠放在高压灭菌锅内，待锅内温度升为121℃～126℃时，维持2小时，利用高温和高压彻底灭菌。
三、生料栽培 有些食用菌的培养料不经发酵或灭菌就直接栽培，如平菇、金针菇等。但生料栽培只能在低温季节进行。在我省利用生料栽培应在10月中旬以后，同时培养料应以棉子壳为主，用石灰水拌料，不要加入农药。
用水要求
栽培食用菌的用水包括拌入培养料的水和菇房喷洒用水以及浸泡菌筒用水，要求水质无污染，最好达到饮用水标准。
菌种的无公害生产
生产菌种的环境包括接种室、培养室、菌种贮藏室及其周围环境都应清洁卫生，远离污染源。菌种厂应有生产菌种的基本设备，菌种的生产过程应规范化，以三级扩大法进行生产，不允许以原种扩制原种，或栽培种扩制栽培种。母种生产要控制传代次数，以传3～4代为限。培养出的菌种要符合品种的特性，菌种纯正，菌丝长势健壮，无杂菌和病虫感染，菌龄适中。老化菌种、退化菌种及长势弱或有其他不良现象的菌种弃之不用。
发菌期管理
发苗期管理主要是控制培养室的温度和湿度，为菌丝生长创造良好条件。大多数食用菌菌丝生长的适宜温度为25℃～27℃。因此，接种后1～3天，将温度控制在26℃～27℃，以后随着菌丝生长，室内温度逐步降为22℃～25℃。培养室内的相对空气湿度控制在70％以下。接种后7天内，每天通风1次，每次通风20～30分钟。7天以后加大通风量，延长通风时间。在发菌过程中，每7～10天翻堆1次，使菌丝生长均匀。由于菌丝生长速度加快，代谢活动增强，菌丝自产热增多，若管理不当，堆温升高，很容易烧死菌丝，要注意翻堆和疏散菌袋，同时加强通风，降低室内温度。接种后1～5天，是感染杂菌的危险期，要采取各种有效措施防止杂菌感染。培养室进料前要打扫干净，彻底消毒。地面、走道要撒石灰。进料后定期喷洒消毒药物，门窗及通气孔要装窗纱，阻止害虫进入，保持培养室空气流通。
出菇期管理
出菇期按常规的管理方法，即调节好温度、湿度、光照等条件，使各种条件适于子实体生长发育。但在子实体生长期间不能施用激素及化学农药。每采收完一茬菇，要彻底清除料面及地面上的死菇、残菇碎片，培养料或覆土上的老菌根、菌皮和污染物也要清理干净。已污染的菌袋或废料要在远离菇房处进行处理。
病虫害防治
一、净化环境 搞好培养室、菇房及其周围环境卫生，始终保持干净，将环境中的病虫基数降到最低水平。
二、选用优良菌种 应选用丰产性好、抗逆生强、菌丝生长健壮且生长迅速的适龄菌种。这样的菌种，菌丝萌发快，蔓延迅速，在与杂菌竞争中，能首先占领料面，有效抑制杂菌及病虫害发生。
三、科学管理 在食用菌栽培管理过程中，每个环节都要规范操作。要根据不同菇类的特性，尽可能创造适合其生长的条件，经常观察病虫害发生情况，做到早发现，早防治。
四、综合防治 当虫害发生时，尽可能采用诱杀或捕杀方法进行防治。利用害虫的趋光性，用黑光灯、灭蚊灯进行诱杀。防治菌螨可用饵料诱杀，将菜子饼或其他饼炒熟，撒在纱布上，或者将纱布放在糖、醋液中浸湿，然后把纱布覆盖在患处，当螨虫聚集在纱布上取食时，取下纱布放入沸水中，杀死螨虫，多次防治效果颇佳。个头较大的害虫如蛞蝓、潮虫等可以人工捕杀。也可将草木灰、烟草末撒在患处，既可防病又可防虫害。一般情况下，化学药物防治病虫害效果好，但在食用菌上施用化学农药防治病虫害时，要选用高效、低毒、低残留的药物，如多菌灵等。但化学农药不能在出菇期施用，可在出菇前或采完菇后施药。
