肥料是作物增产的物质基础，合理施用肥料是提高烟叶产量和质量的一项重要技术措施。烤烟施肥的目的不但要提高单位面积上的产量和经济效益，更重要的是要有利于烟叶品质的形成与提高，这是烤烟施肥的最终目的。施肥在烤烟产量和产值形成中占有较大作用，分别占39.2％和47.3％。而且，施肥对烟叶品质的形成也占有较高的比重，占20％～30％。因此，施肥是烤烟栽培的关键技术，烟叶产质量的高低在很大程度上取决于施肥是否合理，要做到烤烟的合理施肥，除做好测土配方平衡施肥外工作，最大限度地提高肥料利用率是达到施肥效益、品质提高的关键。结合当地烟草生产实际，主要做好以下几方面的工作：
一、实行轮作，建立良好的耕作制度，选择土壤质地中等的土壤种植烤烟，是提高烤烟氮磷钾肥利用率的有效途径。
轮作就是利用不同作物之间吸收养分的差异，合理安排轮换种植周期，达到用地与养地相结合，提高各种作物产量、质量，提高经济效益。烟草实行轮作制，可有效改善土壤理化性状、均衡利用土壤养分，从而给烟草生产带来优越的生长环境和条件，对提高施肥效果，保持、恢复和提高土壤肥力，消除土壤中的有毒物质效果显著，烟叶产量明显提高，质量得于明显改善。据研究，连作田块的N肥利用率平均每年下降4.8个百分点，P肥利用率降低0.7个百分点，K肥利用率下降3.2个百分点。因此，轮作是提高烟叶质量和土壤肥料利用率的有效途径，是烟草可持续发展的重要保障。目前，为了解决烟草轮作问题，云南省烟草系统已经做了大量工作，使全省近年来的轮作面积比例达到了60％以上，烟叶的产、质量得到了稳步提高。
二、针对不同土壤，基肥与追肥合理搭配是提高施肥效果的重要措施。
红壤和石灰性土上养分吸收得较慢，在这两种土壤上施肥要重施底肥和早施追肥。而水稻土、黄壤和紫色土要适当提高追肥比例，使追肥比例达40％～50％。
恰当的施肥方法及时期是提高肥料利用率、降低生产成本和提高烟叶品质的重要关键。据15N示踪研究，氮肥利用率以全条施最低，2／3基肥＋1／3追肥居中，1／3基肥＋2／3追肥最高。当追肥比例达50％以后，中、上部叶的烟碱含量显著地增加，对提高烟叶品质和可用性不利。因此，追肥比例以控制在30％～40％为宜。在实际生产中，施肥方法与时期上应注意以下几个问题：
（1）复合肥和硫酸钾应根据地下水位和肥力高低而定，提倡少施或不施塘肥（土壤肥力低则少施，土壤肥力高则不施），重定位环状施肥或追肥（地下水位低则重定位环状施肥，如地烟和山地烟；地下水位高则重追肥，如田烟）。
（2）普钙或钙镁磷肥适宜作条施，即量墒前均匀撒施于烟墒底部，可以提高肥效。另外，钙镁磷肥属碱性肥料，不宜与复合肥或硫酸钾等酸性肥料混合施用，以免发生化学反应而降低肥效，并且在酸性土壤上施用效果较好。
（3）要防止肥料与烟株概系直接接触，可采用环状施肥，使肥料与烟株保持10～15厘米的距离，以免烧苗。
三、不同品种选用不同氮、磷、钾配比。
不同烟草品种因遗传特性所决定，对土壤和肥料养分的吸收与利用有很大差别。例如，红花大金元（简称红大）的氮、磷、钾肥利用率较高，而K326的肥料利用率较低，G28居中。因此，烟草品种对肥料需求的差异是决定施肥量多少的主要依据。
不同品种选用不同氮、磷、钾配比，红大和G28等耐肥性弱的品种适宜的肥料配比中以N和P2O5含量均为8％～12％，K2O含量为20％～25％为宜，即N∶P2O5∶K2O＝1∶1∶2.5～3。K326、云烟85等耐肥性强的品种肥料配比中的N含量为12％～18％、P2O5含量为5％～8％，K2O含量为22％～28％为优，即N∶P2O5∶K2O＝1∶0.5∶2～2.5。
四、不同植烟土壤选用不同硝态氮比例的配方肥料，以充分提高肥料利用率。
从烟草生产实际出发，针对不同土壤条件，选择适宜的养分配比与不同结构的肥料，对提高肥料利用率是较为有效的。实践证明，肥料配方中的硝态氮比例以40％左右为宜，磷的来源不宜用含钙肥料，而应选用磷酸铵等。在红壤和紫色土上，不同硝态N比例对肥料利用率的影响不大，但以硝态N比例在40％～60％的利用率最高；在水稻土中，当硝态N比例超过40％时，肥料利用率就会明显降低，因此，在此类植烟土壤上，使用的烟草肥料配方中的硝态N比例不宜超过40％，而红壤和紫色土以选用40％～60％硝态N比例的配方肥料较为适宜。此外，肥料粒径大小对肥效有较大影响，在红壤、石灰土、紫色土和黄壤上，适宜的肥料粒径为2～4毫米，水稻土上为4～6毫米，可有效地提高烤烟氮钾肥利用率。
五、加入硼砂
在缺B的土壤上，烟草肥料配方中加入0.5％的硼砂，可提高钾肥利用率8％～15％；缺Cl的土壤上，加入3％的氯离子，可使N肥利用率提高4％～9％。
