韭菜口味鲜美，是人们喜吃的蔬菜，保护地和温室韭菜温湿条件适宜，有利于各种病虫害的流行发展。防治韭菜病虫害，应采取综合的防治措施，选择高效、低毒、低残留或生物农药，合理混用，轮换交替使用不同作用机制或具有负交互抗性的药剂，克服和推迟病虫害抗药性的产生和发展。严格禁止使用甲拌磷(3911)、治螟磷(苏化203)、对硫磷(1605)、久效磷、磷胺、甲胺磷、乐果、甲基硫环磷、甲基异柳磷、氟乙酰胺、氯丹等高毒、高残留农药，并严格掌握农药的间隔期，使农药残留量不超过国家规定的允许值，确保食用者的安全。
韭菜灰霉病的传播条件是病部的霉层即病菌的分生孢子梗和分生孢子，每次割韭菜时，孢子散落在土表，通过灌溉水、农事操作等，把分生孢子传播到叶片上，侵染发病。该病的病菌在低温（16℃~30℃）、高湿（86%）、日照不足的条件下跟容易发生蔓延。
灰霉病的防治：亩用10%腐霉利烟剂260~300克，分散点燃，关闭棚室熏蒸一夜；或用6.5%多菌·霉威粉尘剂，每亩500克，7天喷1次；或用65%硫菌·霉威1000倍液；或50%异菌脲l000~1600倍液喷雾，7天1次，连喷2~3次。
疫病的防治：用5%百菌清粉剂，每亩1000克，7天喷1次，连喷2~3次。发病初期用60%甲霜铜600倍液；或72%霜霉威水剂800倍液；或72%霜脲·锰锌或60%琥·乙膦铝600倍液灌根或喷雾，10天喷(灌)1次，交叉使用2~3次。
韭蛆的防治：①地面施药。成虫盛发期顺垄撒施2.5%敌百虫粉剂，每亩2~2.6千克；或在上午9~11时喷洒40%辛硫磷1000倍液；或2.5%溴氰菊酯2000倍液；也可在浇足水后害虫上行后喷75%灭蝇胺，每亩6~10克，效果较好。②灌根。早春3月上中旬或9月中下旬，亩用40.7%毒死蜱600毫升；或1.1%若参碱粉剂每亩2~4千克；或40%辛硫磷每亩100毫升；或辛硫磷、毒死蜱合剂(1+1)80毫升，稀释成100倍液，去掉喷雾器喷头，对准韭菜根部灌药，然后浇水。如病虫害并发，可选择以上药剂混合使用，可起到病虫兼治的目的。
