复合肥肥效长，宜做底肥。经过加工造粒的复合肥比粉末肥分解缓慢、不易流失和挥发、肥效持续时间长，易做底肥使用，一般亩用量为30-40千克。复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以免作物贪青陡长。
注意与单质氮肥配合使用。作物幼苗期需要氮肥量较少，因此，对播种时用复合肥做底肥的作物，应根据不同作物的需肥规律，在追肥时及时补充速效氮肥，以满足作物营养需要。
注意选择合适的浓度。多数复合肥是按照某一区域土壤类型平均养分状况和大宗农作物需肥比例配制而成。市场上有高、中、低浓度系列复合肥，一般低浓度总养分在25%-30%之间，中浓度在30%-40%之间，高浓度在40%以上。要根据地域、土壤、作物不同，选择使用经济、高效的复合肥。一般高浓度复合肥用在经济类作物上，可使作物品质优，肥料残渣少、利用率高。
注意避免种子与肥料直接接触或种肥混合使用。复合肥养分含量高，若与种子或幼苗根系直接接触，会影响出苗甚至烧苗、烂根。播种时，种子要与穴施、条施复合肥相距5－10厘米左右，切忌直接与种子同穴施，造成肥害。
应注意养分成分的使用范围。不同品牌、不同浓度复合肥所使用原料不同，生产上要根据土壤类型和作物种类选择使用。含硝酸根的复合肥，不要在叶菜类和水田里使用；含铵离子的复合肥，不宜在盐碱地上施用；含氯化钾或氯离子的复合肥不要在忌氯作物或盐碱地上使用；含硫酸钾的复合肥，不宜在水田和酸性土壤中使用。否则，将会降低肥效，甚至毒害作物。
