引起黄瓜死棵的原因主要是瓜类腐皮镰孢菌引起的根腐病；大水漫灌，田间积水引起的疫霉根腐病；嫁接口附近消毒不好，易引起蔓枯病等。另外，还有一种茎线虫，用吻针刺破根部外皮，使皮下组织变褐发虚，最后皮层变为褐色龟裂状，此时如果茎点霉病，腐皮镰孢菌、疫霉菌或其他土传菌类乘机侵染的话，就能导致发病更加严重，黄瓜死棵现象自然也就更为突出。
黄瓜死棵病发病特点是：老棚大水漫灌，田间积水时发病重；施用未经发酵腐熟的有机肥(如鸡肥、鸭肥等)的大棚发病重，而施用微生物有机肥的发病轻，基本不发生黄瓜死棵病。
防治措施：因黄瓜死棵的病因很多，必须采取综合防治措施。
一、大力推广微生物肥。用微生物肥育苗，培育无病壮苗，用微生物肥做底肥，可采用条施、穴施或撒施的方法进行。能防治各种菌引起的黄瓜死棵，并对线虫病有抑制作用。但要注意使用时间要早，可在移栽时施入穴中或浸根后再栽培，发病后再用，其效果就大打折扣了。
二、选用抗病南瓜籽做砧木对黄瓜进行嫁接。嫁接时应严格对嫁接刀和用具进行全面消毒，浇水时一定不能让嫁接口接触流水，以免传播土传病害。
三、采用高垄栽培。浇水适量，缩短浇水时间，使水迅速渗入土中。防止大水漫灌，田间积水伤根，此方法对各种土传病害引起的黄瓜死棵现象均有很好的预防效果。
四、药剂防治。可用77%的多宁与50%扑海因按1：1混合后的300倍液或用77%的多宁50克加兰益微20克加水30斤，用其水溶液喷灌根际部，或每株灌药液半斤，能防治黄瓜多种病原菌引发的根腐病和蔓枯病，若个别植株茎蔓病斑大而严重，可用嘧酞霉素4%水剂混加百可得或百菌清喷洒，也可直接涂抹病部，此法对蔓枯病有特效。如果有茎线虫为害根部而引起各种死棵病的话，可用77%多宁50克加兰益微20克加阿维辛硫磷水剂35毫升，混合后加水30斤，用其混合药液灌根，每株灌药液半斤到1斤，防治效果显著。
