中草药在防治猪病上的应用是建立在中兽医理论的基础上。中兽医是我国宝贵的科学文化遗产的重要组成部分，在长期的临床应用中逐步形成了以整体观念为指导思想，以脏腑经络学说为核心，以阴阳五行学说为说理工具，以辨证论治为诊疗特点的独特的理论体系。近年来，中兽医研究的内容和方法都出现了划时代的转变，特别是现代分子生物学的研究方法应用于中兽药学方面，使中兽医学的作用优势更加突出，出现了用行之有效的研究方法和研究成果以调控畜禽的生长发育和预防、控制及减少畜禽病证发生的新趋势，以适应现代畜牧兽医事业发展的需要。
由于中草药多是动植物器官，因此中草药成分就较为复杂，决定了其功能的多样性，表现出营养作用、双向调节和适应原样作用、抗应激作用、抗病原体作用、对抗细菌毒素作用、激素样作用、增强免疫作用等多种作用。有的中药有一种作用，有的有数种作用，还有的有双向调节作用。而中药往往是多味药复合方剂，其作用面则进一步得到拓展，进而发生多方面综合作用，促使机体恢复正常生理功能。对于畜禽传染性疾病的防治，中药常以调动自身为主。对某一具体的传染病，中药的特异性方剂较少，而主要呈现的是非特异性功效。中兽医通常所说的，既扶正又祛邪，标本兼顾。中药防治传染性疫病的这种特色和优势，与西医防治通常所采用的主要思路（WHO称之为对抗疗法）大不相同。
在用中草药和抗生素进行的对比试验中，中草药体外试验，几乎没有抑制作用，但治疗大肠杆菌引起的仔猪黄白痢的效果很好；而抗生素体外试验有很强的抑菌作用，治疗黄白痢的效果却不好。相反，山茱萸体外试验有明显的抑菌活性，而事实上临床上很少用它作抑菌药，因为它的主要功能是滋阴补肾。中药调动自身痊愈能力和健康能力有许多重要法则。
其中，最具代表性的是：
（1）扶正祛邪。扶正祛邪的主导方面是“扶正”，“扶正”虽然包含着补充必要的物质和能量，但更本质的是对机体的自组织机制和能力的调理。
（2）五脏自稳。以五行学说为工具，利用生克制化，把治疗变为对“五脏”相互关系的斡旋，使机体保持有序自稳态。
（3）阴阳自和。“阴平阳秘”是机体阴阳之间相互作用自我实现的。治疗过程就是要基于阴阳自和，调于阴阳自和，效于阴阳自和。在去年的猪无名高热综合征中，有些清热解毒的中草药具有独特的作用。在大部分抗生素治疗无效的前提下，用一些清热、解毒、泻火、凉血的中药，如含有麻黄、大青叶、板蓝根、鱼腥草、金银花、石膏等的中药，有意想不到的效果。传染病多属热毒壅盛之证，常采用清热解毒治法。人和动物的传染病，寒、热、虚、实、表、里诸证都存在；汗、吐、下、和、温、清、补、消诸法均有可能运用。
