蜂蜜有吸收异味、吸湿及发酵等特性，如果贮藏不善，极易变质。为了保证蜂蜜在贮藏中的质量，在贮藏时应注意下列事项：
1、按不同蜜源分别贮藏：不同蜜源的蜂蜜，其颜色、香味、滋味都不相同，因此最好能分装贮藏，以防蜂蜜混杂而降低质量。
2、保持蜂蜜的洁净：生产中，蜂蜜中常有花粉块、蜡片、蜂翅、蜂脚、灰砂、蜂尸等杂质，可将该蜂蜜盛入较高的大桶内，在温度较高、干燥的室内静置沉淀。沉淀所需时间视具体温度而定，一般在20℃时需3天，35℃时只需10小时，除去杂质后再贮存。
3、避免发酵：蜂蜜内常有酵母菌存在，当温度、湿度适宜时，酵母菌便会生长繁殖，导致蜂蜜变酸，影响品质。水分含量较大的蜂蜜，在贮存前须加以处理。其方法是将蜜盛入大口容器内，敞开放在干燥、通风、温度在25℃以上的室内，静置数天，蒸发多余的水分，完成后熟后再行贮存。
4、防吸收水分和异味：据试验，将蜂蜜露置于相对湿度为81％的室内，3个月后水分能增加到82%。因此，即使是成熟蜜，如不注意，也会吸湿而发酵。蜂蜜最好用密封性好的瓷器盛装，置于于燥、通风的室内。贮藏最适温度是5--10℃或27℃以上。若容器不能密封，贮藏室内绝不可同时存放带有强烈气味的物品，以防蜂蜜吸收异味。
5、防蜂蜜结晶：瓶袋包装的蜂蜜，要保持外观透明，流质，须防止结晶，可用双层锅加热处理。处理时外层装水，内层装蜜，待蜜蜂温度达71℃时，保持数分钟，然后去火，静置一天，撇去表面泡沫，装入经过消毒的玻璃瓶中，严密封盖即可阻止结晶。
