苗床病害多，常见的有猝倒病、立枯病、灰霉病、炭疽病、枯萎病等，防治方法为：
一、种子消毒用55度的温水浸种15分钟，可杀死附在种子表面上的病菌，同时起到催芽作用。对猝倒病、番茄早疫病、茄子褐纹病，可用福尔马林100倍液浸种10~15分钟，然后用清水冲洗干净，晾干后播种。对炭疽病可用硫酸铜100倍液浸种5分钟即可。
二、床土消毒用70％五氯硝基苯粉剂与65％代森锌可湿性粉剂或福美双可湿性粉剂等量混合，每平方米苗床用药8-9克，再与15公斤干细土拌匀后垫土和盖土。也可每平方米用70％敌克松5克与加倍的细土拌匀后撒在苗床内。如果床土比较干燥，可用代森锌铵200-400倍液，每平方米床土浇2—4公斤，既消毒又可起到湿润床土的作用。
三、精心护苗床温要求出苗前保持30度，出苗后20-25度。晴天控温25度，阴天16度，夜间比白天低7-10度。底水浇足湿透表土10~13厘米，做到白天湿、晚上干，晴天湿、阴天干。苗子出土后要经常通过低温和控制浇水来进行炼苗，定植移栽前7天，没有风雨霜的夜晚还要进行露天炼苗。
四、及时用药每隔10-15天，用65％代森锌600-800倍液喷雾1次，也可用50％代森铵和70％托布津1000倍液交替使用。当苗床出现个别病株时，应立即将病株拔除，及时喷药，防止病害蔓延。
