一、接种时鸡群内已潜伏有强毒病原微生物只是未表现明显的临诊症状，或接种人员和接种用具带有强毒微生物。
二、接种的时间不适宜农户难以确定接种疫苗的准确时间，其免疫效果也就存在不确切的可能性。如果接种的时间过早，则会中和雏鸡体内母源抗体，被中和的这些鸡疫苗就起不到免疫作用而还会发病；若疫苗接种的时间过晚，因雏鸡体内母源抗体低，则可能在预防接种前已被病毒感染而发病。
三、由于疫苗选用不当而引发例如，雏鸡大剂量使用新城疫Ⅰ系疫苗会导致扭头、转圈等神经症状。大剂量使用传染性喉气管炎疫苗会出现流泪、喉头出血等传染性喉气管炎症状。
四、家禽接种疫苗后会引起的不良反应例如，鸡新城疫Ⅰ系疫苗、鸡传染性支气管炎疫苗、甘保罗病疫苗的接种，可能造成本来不明显的败血性霉浆体病的暴发。因此，当鸡群中在鸡霉浆体病潜伏又要进行上述疫菌接种时，应考虑提前给免疫接种的鸡连续服用药物，以便减轻或仿止潜伏疾病的暴发。
五、疫苗使用技术错误例如，有的养鸡户利用饮水接种疫苗，因使用的自来水带有消毒药，或者使用金属类饮水器，或者停水时间不当，或者疫苗饮水时间过长（超过两小时以上）等，造成疫苗效价降低，从而影响了免度效果。
六、不同种类疫苗间的相互干扰作用一个养鸡场可能不止进行一种疫苗的免疫接种，往往几种疫苗同时使用。例如，有的养鸡户同时接种鸡新城疫Ⅰ系疫苗和鸡痘疫苗。由于鸡新城疫Ⅰ系苗具有很强的干扰作用，可导致鸡痘疫苗免疫失败，从而有可能发生鸡痘。另外对最流行的传染病，为了保证免疫效果，最好单独接种，以便产生很强的免疫力。
