水芹品种按叶片形状分为尖叶芹和圆叶芹两种类型。尖叶型品种叶片尖，植株较高，适合深水栽培。圆叶型品种叶片近圆形，植株较矮，适合浅水栽培或旱地栽培。生产上常用的水芹优良品种有：
玉祁大黄叶头芹 无锡市锡山区玉祁镇地方品种。在无锡、常州、宜兴种植较多。株高60～70厘米。叶柄长50厘米左右，淡绿色。小叶卵形，叶片绿色。茎上部青绿色，下部白绿色。茎粗壮，中间充满薄壁细胞，香味较浓，纤维少，品质优。适合浅水栽培或旱作，亩产3500～5000公斤。
玉祁实茎芹 无锡市锡山区玉祁镇地方品种。株高48～65厘米。叶柄长45厘米左右。小叶阔卵形。茎粗壮，实心。耐寒，抽薹较晚，可采收到4月下旬。适合浅水栽培或旱作，亩产4000～5000公斤。
苏芹 苏州市郊区娄葑乡地方品种。株高50～55厘米。叶柄长35～40厘米。小叶近圆形，叶片青绿色，叶缘有粗锯齿。叶柄上部绿色，中部白绿色，水中部分为白色。柄基部粗壮，生长势弱。纤维含量少，口感好。软化时耐深埋，适合较深水层栽培。
小青种 常熟市地方品种。在常熟、昆山、张家港等地种植较多。株高50厘米左右。叶片绿色。茎和叶柄上部青绿色，水中部分绿色。茎中空，植株紧凑，生长快，抗冻能力强。经冰冻后叶色仍保持绿色。适合较深水层栽培，亩产3300～4000公斤。
常熟白芹 常熟市地方品种。主要分布于常熟、张家港等地。株高45厘米左右。叶柄长30厘米，叶片黄绿色，小叶卵圆形，但顶部尖，叶缘缺刻浅。叶柄和茎绿白色。生长快，采收期早，纤维少，香气较浓。叶片的适口性也较好。适合浅水栽培或旱作，亩产4000～5000公斤。
宜兴水芹 宜兴市地方品种。主要分布在溧水、溧阳和高淳等地。株高50厘米左右。叶柄长35厘米左右，叶柄上部青色，下部白色，叶柄紧抱似茎秆状。叶片绿色，叶面有皱纹，叶缘缺刻较深。香气浓，粗纤维少，品质好。适合旱作或浅水栽培，亩产5000公斤左右。
溧阳白芹 溧阳市地方品种。株高45～50厘米。叶柄长30厘米，叶片黄绿色。叶柄地上部分青绿色，土中部分白色。该品种在溧阳地区以旱作为主，也能在浅水田栽培。较耐肥，抗寒性较差。香味浓，口感脆嫩、微甜。旱作亩产2500～3000公斤；水作亩产4000～5000公斤。
扬州白芹 扬州市地方品种。株高70～80厘米。叶柄长50～60厘米，青色，叶柄中空有隔膜。叶片尖叶型，叶色绿，叶缘钝齿形。耐寒，耐肥，不耐热，抗病性强。纤维含量中等。有清香味，口感较好。适合较深水层栽培，亩产5000～7500公斤。
大叶水芹 湖南省长沙市地方品种。株高60厘米左右。叶柄长35厘米左右，绿色。茎绿色。叶片深绿色。品质较好。适合浅水栽培，亩产5000公斤左右。
广州水芹 广州市地方品种。株高70～80厘米。叶柄长50厘米左右，绿色。叶片浅绿色，小叶菱形。属尖叶型品种。耐肥，耐热，不耐寒。适合较深水层栽培，亩产5000～6000公斤。
泰州青芹 泰州市地方品种。株高70厘米左右。叶柄长50厘米，绿色，圆形，中空。叶片淡绿色，小叶披针形。耐肥，耐寒。适合较深水层栽培，亩产5000公斤左右。
常州圆叶芹 常州市地方品种。株高50～65厘米。叶柄长30～40厘米，叶柄露出水面部分绿色，水中部分白色。叶片卵圆形，绿色，纤维少，口感脆嫩，有清香味。耐寒能力强。适合浅水栽培或旱作，水作亩产4000公斤左右，旱作亩产2500公斤左右。
此外，安徽的桐城水芹、江西的景德镇水芹等也较著名。
