一、改善生态环境
栽培场地要选择在靠近水源、空气流畅，四周宽阔，远离禽畜饲养场、酿造厂、生活区及医院至少1500米场地采取翻土、晒白、灌水等措施取代农药进行消毒。水源水质清净无污染。严禁污水喷菇，浸洗。栽培、加工设施内外不得存放菇根、死菇、虫口菇、培养基弃料。
二、合理选用原料
要严格按照WTO/SPS植物险疫的新要求，对使用的棉皮，麦草、玉米芯、豆饼等栽培原料要求无霉变，无农药残留。培养料配制时不得加入任何化肥、农约及生长激素类物质。配料，栽培及管理用水要清洁，无任何污染覆土材料选用无农药、化肥污染的荒坡地下土，经太阳曝晒后使用。粪草生菌类栽培配方中的畜禽粪要求畜禽散养，不含激素、抗生素和化工产品。
三、提倡生物防治
培养料配制可采用植物抑霉剂和植物农药，如中药材紫苏、菊科植物除虫菊、酯类农药、木本油料植物菜子饼等，均可制成植物农药进行杀虫、治螨。也可以采用壮菇抑虫，在菌种选育、培养料配比、堆料发酵、接种发菌、出菇管理的各个环节都要严格把关，育壮菌丝体、子实体，增强自身抗病抵害能力。还可以采取与特异性菇类轮作、间作等模式，如竹荪有一股浓香味，蚊虫闻而生畏，采用菇、荪轮作也有利防虫。
四、实行物理灭菌防虫
接种室、发菌室、超净工作台等，采用30瓦紫外线灯或电子臭氧发生器进行消毒灭菌。栽培房采用黑光灯或安装粘虫板来诱杀菇蚊、蝇、叶蝉等昆虫。菇房（棚）门窗安装防虫网、纱窗等。栽培及加工原料，工具、设施的消毒，要选用巴氏法灭菌，通蒸汽使温度达60℃维持10小时，不得使用甲醛、来苏、硫磺等化学药物。
五、严格科学用药
坚持顶防为主，在必需使用化学农药时，须选用高效、低毒，低残留的药剂。如敌百虫、辛疏磷、克螨特、锐劲持、甲基托布津、甲霜灵等，在没出菇或每批菇采收后用药，并注意少量，局部使用，防止扩大污染。严禁在出菇期喷洒农药，禁止在菇类生产过程中使用甲胺磷、甲基1605、1059、久效磷、水胺疏磷杀虫脒、氧化乐果、毒乐酚等一切汞制农药及其他高毒、高残留农药。
六、产品加工符合标准
食用菌产品常因加工流程的不当引起含硫量超标等不符合相关标准的现象，为此，必须确立科学，正确的加工流程和操作制度，使用精密度好的先进机械设备进行加工。菇品包装必须符合国家卫生标准，即干食用菌卫生标准、鲜食用菌卫生标准及食品包装卫生标准等。
