平菇 大多处于出菇阶段，部分秋季栽培的已进入出菇尾声，管理重点是保温，解决菇棚升温保湿与通风之间的矛盾。采用广温型菌株的如8359、农科12等，棚温应保持在15℃左右。采用低温型菌株的如2006、特抗1号等，尽管0℃条件下子实体不会被冻死，但长速太慢，赶不上上市的黄金期。因此，要设法使棚温保持在10℃左右。通风问题是该时段最大的难题，与升温保湿是严重的矛盾，应根据实际情况予以协调，不可顾此失彼。
金针菇 大多处于出菇或即将出菇阶段。由于品种特性的关系，金针菇管理相对简单，只需将温度保持在4℃～15℃，湿度保持在适宜的条件下，即可获得好的收成。
香菇 花菇是香菇中的上品，培育花菇，棚内应保持干燥，保持强光照射，湿度不得超过70%，尤其要注意一旦幼菇开花后，湿度绝对不要反弹，否则将会形成 “茶花菇”，降低商品性。如果遇到雨、雪、雾等高湿天气，可采取在棚内烧煤炉的办法降低湿度，但要注意将烟气排到棚外，否则，将会导致产品中的二氧化硫超标，成为有毒食品。培育厚菇时，应注意通风，保持湿度，根据市场等条件，可降低温度，使之长成较厚的鲜菇，最大限度提高其商品价值。在冬季，不提倡培育水菇。
双孢菇 在10℃以下难以出菇，管理重点是升温保湿，一旦温度低于8℃，则无出菇的可能。由于双孢菇子实体数量少，对氧气的需求量不大，故可较减少通风量。
小平菇、猴头菇等品种，应将保温作为管理的第一重点，其次是通风。要根据品种和出菇的不同阶段进行管理，不可一刀切。
部分赶元旦至春节上市的品种正处于发菌尾期或菌丝后熟阶段，如平菇、金针菇、猴头菇、茶树菇等，管理重点是保温，配合适当的通风措施，即可顺利完成发菌。
春季出菇的香菇、鸡腿菇、柳松菇等处于发菌的初始阶段，保温即可，不必过多管理，但要注意菌袋覆盖保温材料后，不要长期不予检查，否则，一旦发生烧菌，则后悔晚矣。
