猪感染脑脊髓炎病后在临床症状中，表现出的四肢瘫痪、尖叫、眼睑水肿等症状很容易与脑膜炎型链球菌、仔猪水肿病、伪狂犬病、食盐中毒病混淆，所以在诊断本病时要进行鉴别诊断。
链球菌病
脑膜炎型链球菌病，多发于6-7月，大面积爆发，大小猪均可感染病，而本病多为个别30-50千克体重的猪发病，可在本群猪內传染发病，有时也可发生波浪状流行，即一部分猪感染发病过后，过一个阶段另一部分猪在发病，多位散发性，脑脊髓炎型猪前后均麻痹。四肢僵硬不能站立，倒向一侧，而脑膜炎型链球菌猪仅为后肢麻痹，做圆圈运动或无目的的行走，头颈及前肢呈强直痉挛，躺地后四肢呈游泳姿势划动
仔猪水肿病
仔猪水肿病不但眼睑水肿，而且咽喉部、头、颈以及下胸与前肢内侧均水肿，而本病仅眼睑水肿，本病体温升高，而水肿病体温一般无变化，仔猪水肿病咳嗽、呕吐、后肢轻度麻痹，而本病无此症状。
伪狂犬病
伪狂犬病精神兴奋，奔跑前冲，视力差及撞墙，有咬人咬物倾向，患处皮肤奇痒、四肢开张、常向一侧转行，本病无此症状。
食盐中毒
食盐中毒的猪口渴饮水多，尿少或无尿，兴奋时奔跑，瞳孔散大、服下皮肤发绀，有吃食盐过量史。
