临床症状、病理学检查和流行病学调查有助于本病的诊断，但确诊有赖于实验室检查。
1．病毒分离 当病猪开始出现症状时尽早宰杀，无菌采集扁桃体、脑和肺，并制成悬液，接种原代PK细胞或猪甲状腺细胞。如果细胞培养出现合胞体病变、血吸附和血凝特性，即可证明有HEV存在。否则应继续盲传2代才能做出结论，当发病超过2d，分离病毒就很困难。分离病毒需无菌采取刚出现症状的病猪的呼吸道分泌物，脑或脊髓等按常规方法处理后，接种于猪单层胎肾原代细胞或猪甲状腺单层细胞培养。接种后12h，观察有无融合细胞形成。如果有HEV存在，可在接种后24h至48h出现融合细胞。分离的病毒可用血凝试验、血细胞吸附试验、血凝抑制试验、血细胞吸附抑制试验、血清中和试验、荧光抗体染色、电镜和免疫电镜检查鉴定。
2．血清学试验 猪感染HEV后第7天开始产生抗体，2-3周达到最高峰。从发病的母猪和存活同窝仔猪采取血清，做血凝抑制试验、血细胞吸附抑制试验、琼脂扩散试验、间接免疫荧光试验及血清中和试验也可确诊oHI和SN试验可用于猪血清中HEV抗体的检测，两者具有基本相同的敏感性。还可用空斑减数试验。由于病毒的亚临床感染非常普遍，一般要应用双份血清做出评价，为此首份血清需在症状刚出现后2d内采集，经过6- 7d以后猪已显现症状，此时可能已经产生高滴度抗体，难以做出比较性评价。
