组织学检查，心肌发生局灶性间质性心肌炎，病灶中心的心肌纤维溶解，肌膜和胞核尚且保留，心肌坏死灶中有淋巴细胞、单核细胞或少量嗜中性白细胞浸润。无化脓现象，病程较长者，心肌病灶可发生钙化或机化。少数病例可见到轻度的弥漫性亚急性脑膜脑炎的变化，肺泡上皮下间质细胞过度增生并伴有巨噬细胞聚集，肾脏和肝脏充血。
死于EMC的猪的病理变化都相似。尸体解剖时，仔猪胃内有正常的凝乳块，胸腔和腹腔内有深黄色液体，肺脏和胃大弯水肿，肾皱缩，被膜有出血点，肝脏也呈皱缩状态。脾脏缺血萎缩，比正常脾脏小一半。肾淋巴结、胃黏膜、膀胱充血，胸腺有小的出血点。心肌弥散性灰白色，心肌柔软，右心扩张，心室肌可见许多散在的白色病灶，2-15mm，线状或圆形，或为界线不清的大片灰白色区，偶尔可见白垩样斑。
