一、选择优良品种和种藕。深水藕应选择适宜深水栽培的优良品种。如丝苗、京塘丝藕等。选择具有本品种优良特征，后把节较粗的整藕或较大的子藕作种藕。种藕必须新鲜、粗壮、完整无缺、至少有2节以上充分成熟的藕身，顶芽完整。
二、选择适宜的水面。深水藕应选择浅湖、河湾、水流平缓、涨落平稳、水下淤泥层厚达20厘米以上的水面。夏季汛期最大水位不超过120厘米。
三、适当整地，施足基肥。深水藕栽植前如果条件允许，应带水耕耙。如果水位较深，不便耕耙，可用大铲将田土适当整平。每亩施堆厩肥1500-2000公斤或绿肥鲜草2500公斤作基肥，基肥应耕耙入土。深水田易缺磷，最好每亩施过磷酸钙20-30公斤，以促进壮苗早发。
四、适时栽植。因水位较深，土壤温度回升缓慢，种植期要比浅水藕推迟10-15天。
五、固体追肥。深水中肥料易流失，不宜施液体肥料。追肥时应将厩肥或青草埋入泥中，如用化肥作追肥，应将化肥与河泥充分混合，做成泥团，施入藕田。
六、防涝防风浪。深水藕水位不易调节。在汛期到来时，如果立叶被淹没，应在8小时内紧急排水，使荷叶露出水面，以防淹死。深水藕易受风浪影响，特别是结藕期受台风袭击，常造成严重减产。因此，可在藕田四周种几行茭白，以防风消浪，减轻风害。
七、适时采收。深水藕多为晚熟品种，不采收嫩藕，在立叶全部发黄时，即可挖藕上市。
