近年来，冬种甜玉米已实现连片种植，但病虫害严重威胁着甜玉米的生产，成为增产的一大障碍。甜玉米的冬种为部分害虫提供了丰富的食料，甜玉米地成为害虫主要越冬繁殖场所，同时也为部分病原物提供了有利条件，便于病害扩展蔓延。冬种甜玉米主要病虫害有以下几种：
地老虎 地老虎是冬种甜玉米苗期的害虫。人工捕捉可于清晨在甜玉米断苗的周围或沿着残留在洞口的被害株，将土扒开捕捉幼虫。采用毒饵诱杀可每亩用90%敌百虫晶体50克，用温水溶解成250毫升药液，与炒香的花生麸拌均匀，傍晚撒于玉米周围。
螟虫 危害甜玉米的螟虫以大螟、台湾螟为主。防治可在大喇叭口期施药。药剂选用3%米乐尔颗粒剂（每亩用1公斤）或98%巴丹可湿性粉剂（亩用50克）或90%敌百虫晶体（亩用150克，用温水溶解稀释）混细沙点心叶撒施。
玉米蚜 玉米蚜主要在冬种甜玉米的抽雄期发生，主要危害雄花，影响授粉。蚜虫个体小，繁殖快，因而不能轻视。防治可用吡虫啉3000倍液或敌蚜螟1500倍液喷雾。
玉米大斑病和小斑病 大斑病和小斑病是冬种甜玉米普遍发生的两种病害。发生严重时，能使叶片枯死，造成减产。两种病害在孕穗、抽穗期易流行。低洼地，过于密植荫蔽地、连作地往往发病重。防治措施：1.摘除植株下部黄叶、病叶，减少再次侵染的菌源，以利通风透光。2.喷洒杀菌剂。药剂可选用25%必扑尔乳油2500倍液或50%多菌灵乳油500倍液，或65%代森锌可湿性粉剂1000倍液。
纹枯病 纹枯病是冬种甜玉米较严重的一种病害。最初在地面的1～2节叶鞘发病，主要危害乳熟期的苞叶、果穗、籽粒。土壤黏重、偏施氮肥、地势低洼及植株郁闭、不通风、透光差的地块都易发病。防治措施：1.改进栽培管理技术。注意清沟排水。施用腐熟有机肥。氮肥施用宜早不宜迟，宜少不宜多，适当增施钾肥，提高植株抗病能力。2.药剂防治。可选用25%必扑尔乳油3000倍液或70%甲基托布津可湿性粉剂800倍液，或40%科达宁悬浮剂500倍液喷雾。
