1、选用质量合格的微生物肥料 质量低下、杂菌含量高或过期的产品不能施用。
2、施用时要尽量减少微生物的死亡 菌肥要避免阳光直射，拌种时应在阴凉处操作，拌种后要及时播种，并立即覆土。菌肥不可与有害农药、化肥混合施用。
3、创造适宜的土壤环境 酸性土壤应中和土壤酸度。土壤过分干燥时，应及时灌浇，大雨后要及时排除田间积水，应改良土壤，合理耕作，提高土壤的通透性。应针对性地补施微生物必须的矿质营养。
4、因地制宜推广应用微生物肥料 根瘤菌肥料增产效果明显，可在豆科作物上广泛应用。对其他微生物肥料，应探索不同菌肥的效应，施用量、施用方法逐步推广。
