苗床管理是培育壮苗的重要环节，要根据气候条件和幼苗的生育阶段，适时地做好温度、湿度、光照和水肥营养的调节工作。
1、温度管理。主要是初期做好保温防冻，出苗期间尽量保持高温，白天30-33度，晚上18-20度，有利于早出苗，如遇寒流等恶劣天气晚上阳畦上应加盖覆盖物；中期注意适时放风，苗子顶土至子叶展开，适当降温至25-28度，晚上15-18度，防止高脚苗、烧苗、闪苗和倒苗；后期加强幼苗锻练，防止徒长，提高幼苗适应性和抗逆性，真叶生长后进入正常管理，白天25-26度，晚上13-15度左右，有利于壮苗稳长和花芽分化，4月底5月初加强炼苗，撤去阳畦覆盖物等。
2、湿度管理。三樱椒喜欢温暖湿润的土壤环境，怕旱忌涝，因此苗子生长期间，尽量保持地面湿润，防干旱和板结，如发现干旱（午间秧苗发生萎蔫时）可浇小水或叶面喷清水。
3、防病治虫技术。三樱椒苗期的主要病害有猝倒病、立枯病、炭疽病等。虫害主要有地老虎、蛴螬、蚜虫等。防治病害可用50%的多菌灵800—1000倍液，75%百菌清600—800倍液，播种前喷洒苗床消毒，出苗后喷洒幼苗防病，苗床洒草木灰也有较好的防病效果。防治地老虎和蛴螬等地下害虫，可用 50%辛硫磷乳油1500倍液灌根；防治蚜虫可用50%抗蚜威1500倍液或10%吡虫啉乳油3000倍液喷雾。发生2.4D-丁酯药害如：皱叶、卷叶、黄叶、花叶后用菌毒杀星叶面喷雾防治。
4、及时间苗、拔苗和覆土。当幼苗出土，子叶充分展开时，过于密的苗子，进行第一次间苗，苗距1.5厘米，第2--3片真叶展开时，进行第二次间苗，苗距3--5厘米。
