蘑菇菌种分为母种、原种、栽培种三个级别，其中原种与栽培中由于培养基相同，这两种菌种鉴别方法相同。母种的鉴定：蘑菇菌丝在母种中有气生型和匍匐型两种表现，菌丝颜色均为灰白色。气生型菌丝生长旺盛、菌丝尖端清晰整齐，基内菌丝较发达，生长速度快；匍匐型菌丝贴生于培养基的表面，呈索状生长，挺拔有力，但生长较慢。试管内培养基颜色正常，不失水萎缩，无黄白色菌被。在试扩大培养阶段，菌种块在48小时内萌发，15天封面，且菌丝出现少量菌丝索的，可以作为优质母钟用于生产。原种与栽培种的鉴定：蘑菇原种与栽培种的培养基通常选用粪草培养料或麦粒培养料，不论采用哪一种培养料，优质菌种的菌丝生长挺直有力，菌丝排列稀疏、清晰，呈扇形生长，菌丝紧贴瓶壁，有少量粗壮的菌丝索，菌丝不失水，不收缩离开瓶壁，无黄褐色积液，无杂菌污染，视为优质菌种。
