棉种是丰产的基础，但并不是所有的棉籽都可以用来作种子。以下几类棉籽不宜用来做种
一：机械损伤过重的棉籽。在加工过程中机械损伤超过2％以上的棉籽不宜做种。
二：枯、黄萎病严重地块的棉籽不宜做种。因为病菌可以随棉籽传播
三：晚秋桃和剥桃棉籽不宜做种。因为发育不良，成熟度差，做种用芽率低。
四：喷施乙烯利的催熟棉籽不宜做种。
五：品种特征已经退化的棉籽不宜做种。以免导致棉花大幅度减产和品质下降。
六：储存时间过长尤其与农药化肥在一起长期存放的棉籽不宜做种。以免造成芽率低、棉苗弱的现象。
七：在水泥地面过度晾晒的棉籽不宜做种。在水泥地面过度晾晒易造成生理机能失调，丧失发芽率。
