生态饲料的配制，需要从四个方面入手。
原料的合理选择。饲料原料是加工饲料的基础，选择原料首先要保证原料的90%来源于已认定的绿色食品产品及其副产品，其他可以是达到绿色食品标准的产品;其次，要注意选购消化率高、营养变异小的原料。据测定，选择高消化率的饲料至少可以减少粪尿中5%氮的排出量。再次是要注意选择有毒有害成分低、安全性高的饲料，以减少有毒有害成分在畜禽体内累积和排出后的环境污染。
饲料的精准加工。饲料加工的精准程度对畜禽的消化吸收影响很大，不同的畜禽对饲料加工的要求是不一样的。猪饲料颗粒在700μm~800μm之间，饲料的转化率最高。采用膨化和颗粒化加工技术，可以破坏和抑制饲料中的抗营养因子、有毒有害物质和微生物，改善饲料卫生，提高养分的消化率，使粪便排出的干物质减少三分之一。
配制氨基酸平衡日粮。氨基酸平衡日粮，是指依据“理想蛋白质模式”配制的日粮。即日粮的氨基酸水平与动物的氨基酸水平相适应的日粮。在满足有效氨基酸需要的基础上，可以适当降低日粮的蛋白质水平。有研究资料表明，畜禽粪便、圈舍排泄污物、废弃物及有害气体等均与畜禽日粮中的组成成分有关。将猪日粮中的蛋白质含量每降低1%，氮的排出量则减少8.4%。如果将日粮中的粗蛋白含量从18%降低到15%，即可将氮的排放量降低25%。如果将鸡的日粮中蛋白质减少2%，粪便排氮量可减少20%。粪便污染的恶臭主要由蛋白质的腐败所产生，是日粮中营养物质吸收不全造成的，如果提高日粮蛋白质消化率或减少日粮蛋白质供应量，那么恶臭物质的产生将会大大减少。这不仅可以节省蛋白质资源，而且也是从根本上降低畜禽粪便氮污染的重要措施。
根据畜禽品种及其不同的生长阶段配制日粮。动物不同的生长阶段其营养需要差别很大，生产中要尽可能地准确估计动物各阶段环境下的营养需要及各营养物质的利用率，设计出营养水平与动物生理需要基本一致的日粮，这是减少养分消耗和降低环境污染的关键。近年的许多研究报道表明，根据畜禽不同年龄、不同生理机能变化及环境的改变配制日粮，可以有效地减少氮磷的排放量。氨基酸需要随畜禽年龄和生理状态而异，要使氮的损失降到最低，必须经常调整氨基酸的供给量。对饲养种猪而言，实行阶段饲喂对降低氮的排出是有益的，妊娠母猪对氮的需要量远低于泌乳母猪，妊娠期重新配制日粮比使用同种日粮可降低氮的排出量15%~20%，且不影响繁殖性能。
