在棉花出苗时，常会出现一些不正常棉苗，尤其是苗床上，畸形苗的几率要比大田直播高的多。这些棉苗个体发育不良，很难生长成健壮幼苗，严重的引起死苗，造成缺苗断垄，影响整齐度。
生产中常见的畸形苗有以下几种：
1.带壳苗：子叶出土时棉籽壳未能脱掉。主要原因是播种过浅，子叶出土时膨压小造成带壳出土。尤其是用未经浸种的毛籽播种和墒情不足的棉田易出现此类棉苗。
2.跷脚苗：胚根伸出后突破表土向上生长，形成根的负向地性。主要原因是播种时深浅不一，苗床覆土薄厚不均，造成部分棉籽外露，易出现此类棉苗。
3.胖脚苗：棉苗出土后子叶小、幼茎肥大。主要原因是播种过深或苗床覆土过厚，棉苗出土时胚轴细胞膨压增大，子叶养分消耗过多而形成的。此外肥水条件好、光照不足也易出现此类棉苗。
4.缩叶苗：出苗后子叶皱缩成团。主要原因是在出苗过程中突然遭遇低温冻害而造成的。
5.鸡爪苗：主要出现在育苗的苗床上，子叶形成缺刻畸形。主要原因是生长调节剂施用不当造成的。
6.锈苗：幼根尖端产生锈斑以至腐烂。主要原因是播种时覆土镇压过紧或土壤湿度过大，出苗时氧气不足造成的。
7.线状苗和团状苗：出土幼苗纤弱或成团。主要原因是播量过大、棉籽拥挤排列不当、营养不足。出苗时幼茎纤细还极易缠绕成团形成球状苗。
为使棉田一播全苗，达到苗齐、苗匀、苗壮，打好丰产基础。播种时要注意以下几点：
1推广光籽播种，提高出苗率。尽量避免使用毛籽下种。若用毛籽播种一定要用温汤浸种或浇足底墒水。
2.播种深度要一致，掌握在2---3cm。营养钵育苗每钵不超过2个籽，大田播种要力求下种均匀。
3.播种不仅要符合季节，更要结合当时的气温、地温和墒情，一般日平均气温在25℃左右，5cm地温稳定在14—16℃，土壤含水量60---70%。
4.育苗移栽要掌握苗不移载、膜不离床。
5.除草剂和生长调节剂施用时一定要按照说明严格操作，不得随意加大用量。
