土壤中营养成分少或植物吸收营养能力较低，都可导致植株营养不良，过多的水分、低温以及植株根部受伤和病害的侵染等都有可能使植株、茎叶、果实营养不良，表现为缺素症，其症状为植株生长缓慢，叶片褪绿，植株瘦弱，果实发育不良，结果减少，产量降低，影响菜农的经济收入。
1、缺钙：缺钙易引起脐腐病，此病始发于幼果脐部，初为水浸状暗褐色斑点，病斑逐渐扩大，发展成表皮下陷，革质，褐色或黑色坏死区域，潮湿时病斑上腐生黑色霉状物。坚硬的褐色区域可以扩展至果实内部，病果提早变红，属典型生理病害。此病是因为果实内缺钙发生的，是供应果实营养的相应功能叶片叶中钙供应不足，干旱、盐浓度过高，以及植株根部受病虫害或水分过多等，均能影响植株从土壤中吸取钙素，氮肥施用过多，刺激植株生长，从而消耗了对果实供应的钙，有助于此病的发生。
预防措施：一是科学均衡施肥。除施足腐熟的有机肥作底肥外，还要施用一定量的过磷酸钙，以防土壤缺钙。二是深耕土壤，采用地膜覆盖栽培，保持土壤水分相对稳定，减少土壤钙的流失。三是适时浇水，尤其是结果期注意水分的均衡供应，严防忽干忽湿，开花结果期如遇高温干旱要及时浇水，雨季要注意雨后排水，确保根系的正常功能。四是生长期要稳施氮肥，避免营养生长过旺，坐果期可叶面喷施1%的过磷酸钙浸出液或1%氯化钙液，每7～10天喷一次，连喷2～3次，效果较好。在幼果期要及时摘除脐腐果，以减少植株体内的养分消耗，保证健果生长。
2、缺钾：西红柿是需钾较多的作物，缺钾时叶脉保持绿色，但主叶脉之间的叶片组织褪绿，叶片卷曲，呈赤绿色，严重时沿叶缘发生灼伤。缺钾症状首先出现在老叶上，钾不足降低了果实中酸的含量，严重时引起果实内部褪色。有时即使土壤中钾的含量不低，由于中后期根系吸收能力下降，不能提供足够的钾素供给果实发育和植株生长，当果实成熟时仍表现出缺钾症状。当土壤中的钾供应不足时，果实的发育就以损害叶片为代价，通常当结3―4穗果后，老叶出现缺钾，症状尤明显，若根系发达，那么症状出现较迟。
预防措施：栽培时施足钾肥，钾肥易挥发，易淋失，应采取基肥、追施以及叶面喷施相结合，保证中后期钾素的供应，可结合补施磷肥喷施1%磷酸二氢钾溶液。
3、缺铁：铁属微量元素，但铁元素在植物生长发育中起着重要作用，铁不足可使叶片褪绿，但叶脉包括小分枝的叶脉仍为绿色，特别是碱性的土壤阻碍植株对铁的吸收。
预防措施：结合施用有机肥，应配施铁肥，但不宜过量。一般采取硫酸亚铁底肥亩施2～5千克，叶面喷施0.2%～1%的硫酸亚铁水溶液。
4、缺锌：锌不足可使叶脉间片变黄，并发展成黑色斑点或变紫，缺锌严重，可阻碍植株生长。
预防措施：在施底肥时，每亩随腐熟的有机肥施用1～2公斤锌肥，植株生长期可叶面喷施硫酸锌0.02%～0.1%水溶液预防。
