食用菌培养基质中速效养分的增加和环境条件的改善，为食用菌病虫害同步增加提供了条件。实践中，将防治病虫害措施结合于栽培程序之中，用生态、物理和化学的方法将病虫害危害程度控制在最低限度内，应是食用菌保护的原则和有效措施。
1 病虫害发生特点
1.1 病虫害种类繁多 据初步统计：直接侵害培养料、菌丝体和菇体的病原菌有真菌、细菌、病毒等100多个种类，非侵染性种类有10多种；在虫害方面有15个目的昆虫能直接侵害食用菌的菌丝体和子实体，种类达46种以上。食用菌上的病菌和害虫以不同的方式与食用菌争夺养料，侵蚀菌丝和菇体。
1.2 病虫繁殖有丰富的食源 许多害虫和病菌以腐熟的有机质为食，如跳虫、螨虫、瘿蚊、线虫、白蚁和蚤蝇等昆虫都喜食腐熟潮湿的有机质，经发酵腐熟后用于栽培蘑菇、草菇和鸡腿菇的基质能散发出特有的气味，吸引昆虫成虫在料内产卵。在食源丰富的情况下，螨虫、瘿蚊以母体繁殖方式在短时间内快速增殖后代，往往在30～40天后暴发成灾。熟化的基质也是竞争性杂菌快速繁殖的基地，例如木霉、根霉、链孢霉落入富含麸皮、玉米面、棉籽壳等经过灭菌熟化后的基质内能快速繁殖，而同时接种的菌丝生长速度只有根霉生长速度的1/30、木霉的1/20。未经灭菌和熟化的培养基质，曲霉不能侵染，一旦灭菌熟化后，曲霉菌丝能很快繁殖。接种面被杂菌侵染后，菌种就会失去营养源而无法生长，导致接种失败，菌袋报废。
1.3 病虫繁殖有适宜的环境条件 绝大多数种类的食用菌发菌温度为20～26℃，出菇温度为10～25℃，培养基内水分含量为65%左右，出菇场所空气湿度在85%以上。适宜的环境利于菌丝生长，出菇顺利，与此同时也适合病虫生活，病虫繁殖和为害的速度也很快。在这种适宜的温湿度环境下，所有的昆虫生长期缩短，繁殖代数增加，冬眠期和越夏期消除。
1.4 病菌与食用菌在生理特性上差异小 许多杀菌药易伤害菌丝和菇体引起药害。例如：甲基硫菌灵和百菌清用于拌料，易抑制菌丝生长；而多菌灵对灵芝、猴头、木耳类菌丝都有抑制作用，施用敌敌畏后可导致不出菇或菇畸形。
1.5 病虫潜藏于培养基质中 绝大多数的致病菌和有害昆虫，其寄主都是有机质。例如，稻草、棉籽壳、禽畜粪便本身就携带大量病菌孢子、菌丝体和螨蚊蝇等害虫的虫卵。因此，需要对培养基作灭菌处理或发酵处理，以消灭或减少病虫基数，减少病虫为害程度。
1.6 病虫侵害面广，暴发性强 致病菌在前期未观察到时，已在培养基内萌发和生长繁殖，一旦发现已造成危害。在发菌期时无法用药控制，在出菇期有的病害需要多次用药，而有的病害无药可治。如细菌性黑斑病和黄菇病等要用药3次以上才能控制住病情，而胡桃肉状菌和鸡爪菌一旦发生则无药可治，螨虫、菇瘿、菇蚊从培养基质、菌丝到菇体都能取食为害，在培养基的表面和里层都有虫体取食为害。蘑菇从播种、发菌到整个出菇期都遭受多种病菌和害虫的危害。害虫食性杂，虫体小，隐蔽性强，繁殖量大。
1.7 病虫同时侵入，交叉感染 菇蚊、菇蝇身上携带螨虫和病菌，当其在培养基和菇体上取食和产卵时就传播病毒、螨虫和病菌，而致病力强的疣孢霉菌可使磨菇发病，其病体又可引发细菌和线虫入侵为害，进而使菇体腐烂发臭，污染出菇房。
2 病虫害综合防治
2.1 生态调控
1）木腐菌与草腐菌分场所制种和种植。因栽培草腐菌需要对培养料作发酵处理，在发酵期间，病菌和蚊蝇大量繁殖，如果与木腐菌在同一场所，病虫害易于交叉感染。
2）换茬轮作切断病虫食源。对于发生过严重的病害和虫害的栽培房不应连续种植相同的品种，以防相同的病虫暴发。
3）选用抗病虫性强的品种，培育生活力强的高纯度菌种。抗性强的品种体现出品种的遗传优势，而菌种的生活力和纯度则由供种单位的技术和条件所决定。种植者在引进优良菌种的同时选择适宜于出菇季节温度出菇的品种，才能消除或减少病虫害侵染的机会，安全发菌顺利出菇。
4）保持环境清洁干燥。制种发菌场提高菌种成品率的重要措施就是保持整个制种场所清洁、干燥、无污染菌袋、无积水、排水沟通畅，空气、水源清新、干净。这样空气中杂菌指数低，接种和发菌期间感染的机会也随之降低。在能保证正常出菇的条件下，适当降低菇房内的湿度，增加通气量，将有助于减少病菌。采菇后及时清除残菇、断根，清除受污染菌袋，保持菇房清洁，最大程度地减少病虫滋生。
5）同一菇房同一品种，同期播种、出菇。这样便于管理。
2.2 物理控制
1）强化基质灭菌或消毒处理，保证熟化菌袋的纯无菌程度。灭菌期间常压100℃维持8～10小时，高压121℃维持2.5～3小时，切实杀死基质内的一切微生物菌体和芽孢。使用的菌袋韧性要强，无微孔，封口要严，装袋时操作要细致，防止破袋。
2）菌种生产要按照无菌操作程序进行，层层把关，严格控制。这样才能生产出纯度高、活力强的菌种。有条件的菌种场，灭菌灶应安排进袋口和出袋口门，中部隔断，出袋口处连接种室，经冷却后，在超净工作台内接种。操作人员要穿戴好工作服，确保接种室高度无菌。
3）安全发菌，防止杂菌、害虫侵入菌袋。菌种或菌袋发菌室应具备恒温条件，温度控制在20～26℃，防止温差过大而引起菌袋出现水汽，杂菌入侵污染。同时遮光培养，减少蚊蝇成虫飞入产卵为害。
2.3 化学防治
1）处理培养料。在生产规模较大的栽培场，长期地生产菌种和出菇袋，其场内的空气中杂菌浓度较高，污染途径也较多，因此很有必要在培养料中加入微量的杀菌剂，以有效地抑制竞争性杂菌的萌发和发展速度，提高菌袋成品率。如：50%的多菌灵500倍液可有效地抑制绿霉的发菌速度，而多菇丰1000～1500倍液可有效抑制木霉、根霉、曲霉的发菌速度而保证食用菌菌丝的正常生长。
2）处理覆土材料。土壤能保湿吸水，刺激菇体形成，但土壤也是许多病菌和害虫卵蛹的栖息场所，因此在使用前必须用物理方法和化学药剂进行杀菌灭虫处理后才能使用。如：在蘑菇等草腐菌上的覆土材料宜选择河泥砻糠土，因河泥在嫌气状态下，好气性致病菌少，且保湿性好，在覆土后2～3潮菇内基本不用浇水即能保持土壤的湿度；对取用旱地土和水田土的材料，要撒上5%的石灰，再在太阳下暴晒几天，在使用前5～7天，再喷上800倍液多菇丰和1000倍液菇虫净，建堆前用薄膜盖上闷5天后，方可搬入菇房使用。
3）覆土和开袋前作消毒处理。在高温季节病虫活动期，应着重于开袋前和覆土前的预处理工作。如：蘑菇菌丝发满后和覆土前，用多菇丰、菇虫净各1000倍液喷施菇床，能有效地杀灭菌丝内的幼虫和杂菌；平菇在开袋后，在袋口和其周围喷上1000倍液菇虫净，防止菇蚊、蚤蝇产卵为害。
4）出菇间隙期防虫治病。在出菇期间遭遇病虫危害时，应在采菇后及时用药处理。
