1、畸形菇
子实体长成块状或球形，菌盖小或无菌盖。其发生原因是：使用了已老化的菌种；通风不良使子实体难以正常发育。
防治方法是：使用健壮的优良菌种接种；加强栽培室的通风换气。
2、栽培袋的侧面出菇
由于培养料装袋太松，没有装实，通过栽培袋相互挤压，致使培养料与塑料袋之间产生空隙，为菌丝扭结提供了空气和空间；通过光刺激和搬运时震动，使空隙间的菌丝扭结形成原基，发育成子实体。
防治方法：装袋时培养料要压实，料和袋壁紧密结合；灭菌时排袋要松紧适度，灭菌结束要缓慢排气，防止料袋膨胀变形；搬运菌袋要轻拿轻放，防止过大震动。
3、子实体形成很多，但商品菇少
出现这种现象主要是菇蕾形成过密，未及时进行疏蕾。
防治方法：当菇蕾长至2cm大小时，用锐利的小刀去畸形或过密的菇蕾，留下生长能力强、商品性好的子实体。
4、子实体黄化、枯萎、腐烂
主要是由于菇房温度过高湿度过大造成。如果子实体上分泌黄色液体，黄化、腐烂发臭，这是假单胞杆菌引起的细菌性病害；假如子实体基部变软呈海绵状，有许多孔道，并可见到白色幼虫，这是由于菌蚊的危害。
防治方法：①、控制培养室的温度和湿度，使室温不超过18℃，空气相对湿度在80%～85%，通风换气。②、菇房的门窗应安网纱，以防止成虫飞入产卵、用诱杀的方法诱杀成虫，或采完一茬菇后喷洒高效低毒的杀虫剂。
5、菌柄中空
其主要原因是菌种退化，应选用优质菌种；室温过高、空气过湿，由于室温超过15℃，空气相对湿度超过90%，子实体生长迅速，机质内缺水，营养供应不足而导致菌柄中空。
防治方法：调节栽培室的温、湿、气的关系，搞好降温、降湿、通风工作；经常检查基质的水份情况，及时进行调整。
如果栽培袋排放太密或出菇过多造成通风不良，养分供给不足，也会导致菇柄中空。
防治方法：排袋时，袋与袋之间应留2～3cm空隙，便于通风；适时开袋，子实体过密时，采用疏蕾方法，每个栽培袋只留2～3个健壮的子实体。如果培养料中养分不足，也会造成菇柄中空，因此栽培杏鲍菇的培养料应采用优质的配方，适当增加氮素营养。
