有机种子的生产与常规种子生产有一定差别。生产有机种子，不仅要关注种子生产的有机化，还必须注意育种的有机化。
育种有机化包括两个阶段：第一阶段，主要选择杂交用的育种亲本。要求在有机栽培条件下，选择对病虫害抗性很强、且产量较高的育种材料作为亲本材料。第二阶段，基于有机栽培建立一个特别的杂交育种程序，要求杂交种子在大田种植要有强大的根系、较强的抗病虫能力及与恶性杂草竞争能力。
种子生产有机化，除要求在种子生产田中完全采用有机栽培技术外，还包括在种子后处理中完全采用“有机”处理方法。
目前对种子实施有机处理主要有四种方法：一是用热水或干热空气消毒，防止种子携带病菌；二是用微生物包衣种子，以控制各种土传性病害及苗期病害；三是用共生微生物处理，以增强作物的自然防御能力；四是用自然生长促进剂处理种子，促进幼苗的生长并增加其抗性。由于这些处理方法都是物理的、有机的、自然的，未采用任何化学方法，因而生产出的种子都是“有机”的。
