1.选用无病种子或进行种子处理建立无病留种田，避免种子携带根腐病、蔓枯病、疫病等病原，并结合种子处理杀死种子所带病菌，避免部分土壤中病菌的侵染，根据种子的来源及历年病害发生情况可选用温汤浸种、干热灭菌和药剂拌种等方法。
2.使用无菌床土，培育无病壮苗合理配置育苗土，选用未种过瓜类的肥沃田土并进行暴晒消毒，然后加腐熟的有机肥，土肥比为6∶4；若使用旧床土育苗，应在播种前15天～20天用福尔马林处理，每平方米用量30毫升～50毫升，稀释100倍后喷洒于苗床，然后覆膜闷晒5天，再揭膜晾晒10天～15天后播种。也可结合播种进行药剂处理，使用50%多菌灵可湿性粉剂每平方米8克～10克，按1∶1加细土充分混匀，播种时1/3铺底，2/3盖种；使用旧营养钵育苗，应用5%福尔马林或0.1%高锰酸钾溶液喷淋或浸泡消毒。
3.嫁接育苗用黑子南瓜为砧木进行嫁接，能有效地防治黄瓜枯萎病。方法为：黄瓜先于黑子南瓜3天～5天播种，在黄瓜出现第一片真叶，南瓜子叶完全展开时，先用刀片剔除南瓜的生长点，在子叶下0.5厘米处向下斜切0.5厘米～0.8厘米，深达胚轴的1/3～2/3，黄瓜在子叶下1厘米处向上斜切0.5厘米～0.8厘米，深达胚轴的1/3～2/3，靠接在一起，夹上嫁接夹后定植，遮阳3天～5天待缓苗后，切断黄瓜根，除掉嫁接夹即可。
4.施用腐熟有机肥增施充分腐熟的有机肥，可在用前两个月喷水湿润，将其堆成堆并用塑料薄膜盖严，使其充分腐熟。在腐熟过程中因堆内高温可达65℃～70℃，可有效杀死其中的病菌，并防止病原随肥内残体携带。冬春季使用的有机肥可在棚室内进行发酵腐熟，或建简易沼气池充分发酵后使用。
5.土壤消毒在夏季棚室闲置季节，将麦秸、稻草等作物秸秆切碎后均匀撒于地面，亩用1000千克左右，加入石灰氮或石灰100千克左右进行翻耕，然后浇水、扣膜闷棚15天～20天，使地表温度升至70℃，10厘米的地温达到60℃，可有效杀死黄瓜枯萎病菌和线虫等土传病菌。
6.起垄覆盖地膜栽培黄瓜定植宜采用双垄覆膜栽培，进行膜下垄间灌水或滴灌，以减少土壤水分过度蒸发而降低地温，并且可有效阻止土壤中病菌的传播，减少立枯病、菌核病等发生。
7.合理轮作温室黄瓜与非瓜类蔬菜轮作3年～4年，可有效减少土传病害的发生。如：枯萎病重的棚、室改种较耐病的辣椒、甜椒、韭菜等，可减轻为害；根结线虫病严重者可与芹菜、韭菜、茴香等抗病植物轮作；疫病、菌核病、根腐病重的棚、室可改种生长期短的生菜、小白菜、菠菜等速生青菜，虽易感病，但影响较小，可减轻对下一茬的危害。
8.加强管理，提高植物抗逆力增施有机肥以增加营养、提高地温；适时追肥，增施磷钾肥；喷施一些光合促进剂、生长调节剂，如天达2116、481以及一些抗冻剂来增强植株抗逆力。冬前在温室前部挖深0.5厘米，宽30厘米～40厘米的防寒沟，内填麦秸和马粪等物，踩实封土，用来缓解或杜绝棚外冻土对棚内地温的影响。另外，可在棚内建蓄水池，提前灌满水进行预热，可避免因浇水降低地温、降低植株抗病能力；及时灌水，但不能大水漫灌；合理确定负载量，适时收获等。
9.控制发病中心加强田间检查，发现病株、病叶，及时拔除带到棚外销毁，并结合药剂处理，防扩展蔓延。可在茎基部撒草木灰，降低土表湿度，阻止病菌扩散；在发病初期，选用高效、低毒、内吸性杀菌剂灌根处理病株，例如使用抗枯宁、恶霉灵的常规浓度灌根控制枯萎病，使用克线磷防治根结线虫；或使用烟熏剂，进行全棚消毒，保护无病株。发病严重的棚室，收获后应彻底清除病残体，集中烧毁，严禁作有机肥，减少初侵染源。
10.提倡使用生物制剂，改善土壤微生态环境调节土壤环境，增强有益微生物的竞争能力，是控制植物根病的一项成功措施，向土壤中添加有机质，有利于拮抗菌发育，能显著减轻多种根病。如：利用拮抗性木霉菌制剂处理黄瓜种子或苗床，能有效控制由腐霉菌、疫霉菌、核盘菌等引起的根腐病、茎腐病、疫病和菌核病；哈茨木霉与瑞毒霉共同施用防治黄瓜疫病和根腐病也是成功的实例；假单胞菌株M18分泌羟基吩嗪能有效防治黄瓜枯萎病，可进行选用。有益微生物及其代谢产物，例如农用抗生素已成功地用于防治部分植物根病。
