当前蔬菜、水果等农作物的无公害生产中，微生物农药越来越受到重视。为有效提高微生物农药的防治效果，在使用过程中要谨防以下几点。
第一：在温度过低条件下使用。使用生物农药时一般要求应具有较高的环境温度。有些农户在使用微生物活体农药时，忽视环境因素的影响，不注意选择气温较高的天气条件下使用，甚至在冬天和早春寒冷的天气条件下使用，防治效果不佳。试验表明，在25℃—30℃的环境中，喷施后的防治效果要比在10℃—15℃的环境中高出1至2倍。
第二：在干燥天气条件下使用。真菌杀虫剂中的白僵菌，制剂主要含白僵活孢子，使用后通过直接接触虫体，或在用物上被害虫吃入消化道，在适宜的条件下孢子萌发，在虫体内繁殖，产生白僵菌素等，导致害虫缓慢死亡。如果在晴天上午10点后至下午4点前高温干燥的条件下使用微生物农药，效果就会不佳，这主要是湿度过低所致。因此，应选择在阴天、雨后或早晨等空气湿度大时使用。
第三：使用后遭大雨冲刷。微生物芽孢最怕大雨冲刷，因为大雨 会将喷施的菌液冲刷掉。如果喷施后（5—6小时后）遭到小雨，不但不会降低药效，反而可提高防治效果，因为小雨对芽孢发芽大为有利，害虫一旦食后会加速死亡。所以在使用微生物农药前一定要注意听天气预报。
第四：与杀菌剂混用。如块状耳霉菌，作为一种真菌杀虫剂，药效是通过块状耳霉菌的活孢子作用来实现的。使后活孢子侵染蚜虫并致死，可持续传染，引起群体大量死亡。但作为一种活体真菌，如果与杀菌剂混用，它们被杀菌剂致死，失去杀虫效果。
