仔猪细菌性痢疾多由沙门氏菌、大肠杆菌、魏氏梭菌等引起。发病初期仅出现下痢，尚有一定饮食欲，可以肌肉或皮下注射敏感抗生素，1天2次，连用2-3天，同时投喂抗生素或抗菌药物。常用药物的剂量及使用方法是：口服土霉素每天每公斤体重使用50-100毫克，分2-3次服用；口服新诺明或磺胺嘧啶，每天每公斤体重初次使用量为0.14-0.2克，维持量为0.07-0.1克，分2次服用。乳酸环丙沙星注射液，肌肉注射或静脉注射，每公斤体重用量为2-2.5毫克，每日2次，连用3天。
发病中期，仔猪除下痢外，食欲废绝，身体明显消瘦，出现脱水症状，在使用抗菌药物的同时，应及时进行补液，可以口服补液盐，加入抗菌药物、收敛剂、葡萄糖、维生素，根据患猪体重大小，使用胃导管1次灌服300-1000毫升。
对于极度衰竭的患猪，应及时进行输液治疗，使用葡萄糖盐水加入抗生素，配备地塞米松2毫升、10%维生素C溶液1-2毫升，为防止酸中毒，还应加入3-5%碳酸氢钠。
注射1毫升0.1%亚硒酸钠，防治仔猪下痢效果明显。特效肠炎灵每天灌服30-60克，对各种细菌性痢疾及消化不良性腹泻均有特效。
使用中药疗法简便易行，效果也比较明显。将新鲜马齿苋用清水洗净，再用开水烫过，每头小猪投喂50-100克，可以治疗小猪顽固性下痢。由沙门氏菌引起的仔猪下痢，可以使用如下中药方剂：黄连9克、木香9克、白芍12克、槟榔12克、茯苓12克、滑石15克、甘草6克。以上中药煎汁内服，不吃食的，每头灌服10-15毫升，每日1剂，连服3-4剂。由大肠杆菌引起的黄痢、白痢，可使用大蒜治疗，用大蒜100克，切碎后加入50度白酒100毫升，浸泡3-5日。取浸液每毫升加冷水4毫升灌服，每天2-3次，连续2-3天。
