大棚西葫芦主要病害有病毒病、霜霉病、灰霉病、白粉病、菌核病。在防治措施上，除严格控制温、湿度合理浇水追肥，提高植株抗性能力外，还要掌握各种病害的症状，及时采用药剂防治。
（1）病毒病：西葫芦病毒病又称花叶病。在西葫芦生长各个时期都有发病。苗期受害，子叶变黄枯萎，真叶出现浓淡绿色相间的花叶。全株发病时，新叶出现黄绿相嵌状花叶，叶片小而卷，叶面不平，并变脆发硬，使植株受到抑制。果实受害，出现畸形果，表面凹凸不平。这种病蚜虫是传播的主要媒介，因此从苗期到后期要及时防治蚜虫减少传播。
防治方法：定植后喷施800～1000倍氧化乐果，或2000倍速灭杀丁等药剂防治蚜虫，尤其要注意消灭越冬菠菜、芹菜上的蚜虫，以减少病毒浸染来源。
（2）霜霉病：霜霉病是瓜类作物普遍发生而危害严重的病害，常在叶片上发病。苗期发病时，开始褪绿变黄，最后枯死。成株叶片发病，初期呈水浸状黄色小斑点，后发展呈现多角形，后期病斑边缘黄绿色，干枯时易破。在高湿条件下，病斑背面长出灰黑色霉层。严重时，病斑连片，全叶黄褐色枯萎，故又称“跑马干”，病菌通过气流、雨水、昆虫传播，由气孔或直接穿透表皮侵入叶片。在日均温20～25℃时，叶面有水滴6～12小时即可萌发侵入，3天即可发病。
防治方法：要选用抗病品种，并通过栽培措施提高温度、降低湿度，控制发病。保护地栽培可用百菌清烟雾剂熏治，每亩用45%百菌清烟雾剂200～250克，分堆放置，均匀放在日光温室内，点燃后闷棚，一般是傍晚开始，次日早晨结束。这种方法可在发病初期使用。药剂防治可用40%乙磷铝可湿性粉剂200～300倍液；25%瑞毒霉可湿性粉剂600～800倍液进行喷施，7～10天喷一次，可交替用药。
（3）灰霉病：灰霉病菌多从开败的花中侵入，使花、果脐腐烂，病部表面密生白霜。大瓜受害，组织变黄并生白霜后变淡灰色，重者腐烂脱落。叶片病斑圆形，边缘明显，生有少量灰霉。茎染病，数节腐烂，易折断使植株死亡。由分生孢子随气流、雨水进行传播蔓延。此菌发育适宜温度为23℃，最低2℃，最高3l℃及高湿条件。春季雨天，气温低而湿度大时发病较重。
防治方法：要加强管理，室内经常通风降湿，及时摘除发病的花叶果，并用80%代森锌 800～1000倍液，50%速克灵可湿性粉剂；50%多菌灵可湿性粉剂800倍液进行喷施。7～10天1次，连续进行3～4次。
（4）白粉病：这种病主要使叶片受害，发病初期，叶片正面和背面出现白色小霉点，以叶的正面为多，然后逐渐扩大为不规则的霉斑。发病严重时，霉斑连成大片白粉区，或扩大到全叶。后期的白粉逐渐变为灰白色，叶片变黄，干枯，有时在病斑上产生小黑点，一般从老叶先发病，逐渐向上部叶片扩展。病菌主要靠气流传播，气温在16～24℃时易于发病。
防治方法：在发病初期及时喷施600～800倍甲基托布津，或400倍福美砷，1500倍粉锈宁，600～800倍退菌特等药剂，5～7天喷1次，交替使用。
（5）菌核病：西葫芦菌核病主要危害茎蔓、瓜条。茎蔓被害，初期出现水渍状浅褐色，茎蔓软腐，长出白色菌丝。病茎纵裂干枯。在茎内长有黑色菌核。瓜条危害，先生于残花部，发病时引起瓜条发病；病瓜呈水渍状腐烂，长出白色菌丝，以后菌丝上长出菌核。菌核病是由真菌浸染引起的病害，常在大棚内越冬，随气流传播到植株上，以伤口或花器侵入体内，产生病害。
防治方法：菌核病防治难度大，要采用综合防治技术。如实行2～3年一次轮作，并使湿度控制在80%以下等，可避免发病。办法是用小高垄盖地膜，膜下暗灌，能限制囊子传播。发病时喷速可灵可湿性粉剂1000倍液，或50%乙烯菌核利可湿性粉剂500倍液，或40%菌核净1000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，每10～15天一次，连续喷2次效果较好。
