1.耐藏性好
成熟后的棉籽，种皮结构致密而坚硬，外有蜡质层可防外界温、湿度的影响。种皮内含有约7．6％左右的鞣酸物质，具有一定的抗菌作用。所以，从生物学角度讲，棉籽属于长寿命种子。一般从霜前花轧出的棉籽比霜后花轧出的棉籽，耐藏性好。
2.通气性差、导热性差
一般的棉籽表面的短绒，约占种子重量的55％左右，它的导热性较差，具有相当好的保温能力，不易受外界温、湿度的影响。如果棉籽堆内温度较低时，则能延长低温时间，相反堆内的热量也不易向外散发，如果水分和温度较高，短绒易吸附水分子，还易孽生霉菌，就会使棉花种子的呼吸作用加强，不仅消牦养分，而且还产生水分和放出热量，热量积累在棉籽堆内而不能散发，导致种子堆发热霉变，
3.含油分多，易酸败
棉籽的脂肪含量较高，约在20％左右，其中不饱和脂肪酸含量比较高，易受高温、高湿的影响使脂肪酸败。特别是霜后花中轧出的种子，更易酸败而丧失生活力。
