种子催芽后即出芽、长根。最早只长出一条根，叫种根（主根），是由种子的胚根发育长成的。以后由茎节的根点长出的须根，叫不定根。芽鞘节和不完全叶节大约发根5条，第一、二、三位叶节约发根10条，第四叶位以上的节大约发根10～20条。这是因为叶片由下而上顺次增大，供应发根的养分便顺次增多，发根也增多。地上部的节，一般不发根。由叶片制造的营养是经过叶鞘和茎节的维管束输送到根原基，促进发根。维管束数的增减受环境和栽培条件的影响。在土壤湿润的状态下，氧气充足，发根较多，且有根毛。在深灌水条件下，土壤处于还原状态，缺乏氧气，影响根的呼吸作用，无根毛并出现黑根和烂根，根的生长对温度的要求，以32℃最适宜；当土壤在25℃时，发根多，但较短；在5℃时，很少发根。冷底田或用水库底层冷水灌溉的稻田，发根量也很少。插秧深度达3～4寸的会出现细而长的伸长节间，成为两段生根。发生两段生根的植株，常常是少分蘖或不分蘖，或迟分蘖而成为无效分蘖。且茎秆细弱易倒伏。所以，插秧不宜过深。
芽鞘节的根可使幼芽扎根，谷芽转身和出针。不完全叶位节和第一完全叶位节出生的根，是在秧苗断乳期起吸收养分的作用。第二叶位以上的节生出的根，对秧苗生长和移植后的生长起作用。在正常情况下，插秧后7天发根旺盛。最初长出的根角度较小；中部节位的根角度较大；上部节位长出的根，呈水平分布，似网状。后期吸水吸肥就靠这些根。因此，在孕穗期不宜下田踩踏，以免踩断对开花结实起主要作用的横根。
根的生长与地上部是相适应的。根起固定和支持作用，并能合成氨基酸等有机物质，输送到地上部供合成蛋白质。根所吸收的无机养分，有75～95%供茎叶所需，只残留少部分在根部。而根所需的有机物质，则是由地上部供应的。这样就形成了根和茎叶对营养机能的分工，又起着相互促进的作用。
水稻根所处的土壤环境是缺乏氧气的，由叶片向根输送来的氧气，除满足根本身呼吸的需要外，还有一些从根的表皮向外分泌，氧气就把根包围起来，以免受到土壤中还原物质的毒害，这种现象称为泌氧现象。新根泌氧较多，呈白色，吸肥吸水能力强，老根常有锈斑出现，是因为水田中可溶性的氢氧化亚铁，氧化成难溶的氢氧化铁，积聚在根际周围，甚至附着在根的表面上，使者根出现锈斑。长期深灌的稻田会产生硫化氢，当根际周围的氢氧化铁，不足以同硫化氢化合时，稻根会受硫化氢等有毒物质危害，发生烂根。当出现黑根而不致烂根时，通过排水露田或晒田，增加土壤中的氧气，以加强氧化作用，可使黑根颜色转变，避免烂根。
水稻根的强弱，就一条根来说，根的尖端生活力最强。以一株水稻来说，新根比老根生活力强。生活力强的根吸收水分和养分的能力强，呼吸作用也强。呼吸作用的强弱，主要受氧气和碳水化合物的供应状况的影响。缺乏氧气的重粘土，会大量夺走稻根所分泌出来的氧气，造成供应根呼吸所需的氧气减少，使根的生活力下降。若施用氮肥过多，就会造成叶片弯垂铺雾，使供应稻根养分的下部叶，因得不到直射阳光而制造的碳水化合物减少，根的生活力下降。有的禾苗前期生长不错，但后期早死秆，好禾不好谷。主要是供应稻根所需的氧气和碳水化合物不足，根过早衰老，生活力下降，吸收水分和养分的能力降低；叶片因得不到充分的水分和养分，也过早干枯，以致影响到谷粒的充实。
