1.花叶病。发病初期，茎、叶脉及嫩叶的支脉间出现水渍斑，随后在嫩叶上出现黄绿相间或深绿与浅绿相间的花叶病症状，在感病果实表皮上也出现水渍状圆斑。低温期，病株叶片大部分脱落，幼叶出现畸形。温暖干燥年份，发病严重。
防止方法：①选用耐病品种，加强栽培管理，增强植株抗病、耐病能力。②及时挖除病株，消灭病源。③消灭田间蚜虫，控制病毒的传播。
2.疫病。主要为害木瓜果实，先在果实蒂部发病。病部水渍状，淡褐色。天气潮湿时，果实很快腐烂，病部上面着生有稀疏的白色霉层。此病在适温高湿的条件下发病较重。
防治方法：①一旦发现此病，可用如下药剂进行防治：58%瑞毒霉锰锌可湿性粉剂600倍液；64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液；72.2%普力克水剂400～600倍液；90%乙磷铝可湿性粉剂500倍液：1%波尔多液。每隔10～15天喷1次，喷药次数视病情及天气而定。②注意清园，及时清除田间的病果及病苗。
3.炭疽病。是一种发生普遍、为害严重的病害。此病终年皆可发生，以秋季发病较严重。番木瓜炭疽病主要为害果实，其次为害叶片和叶柄。被害果的果面最先出现数个污黄白色或暗褐色的小斑点，呈水渍状，病斑逐渐扩大，到直径约5～6mm时，病斑下陷，斑面出现同心轮纹，轮纹上产生无数突起。叶片上，病斑多发生于叶尖及叶缘，病斑褐色，形状不规则。病斑长出小黑点。在叶柄上，病斑多发生于将脱落或已脱落的叶柄上，病部没有明显界限，其上面出现一堆堆黑色小点，病部不下陷。
防治方法：①加强栽培管理，种植时要施足基肥，使植株生长健壮，减少病害发生。②注意清园，随时摘除病果、病叶，收集病株残体集中烧毁。③幼果期用0.5%波尔多液，40%灭病威悬浮剂500倍液，70%甲基托布津可湿性粉剂800～1000倍液，50%多菌灵可湿性粉剂或75%百菌清可湿性粉剂600～800倍液进行防治。
