杂交早稻种子因其生理特性与常规早稻有差异，若按传统的技术浸种催芽，会使种子发芽率低，出苗不整齐，不易培育壮秧。因此，杂交早稻种子在浸种催芽过程中需注意以下几个问题：
一、浸种前不宜晒种。常规稻种子浸种前，常常要求晒种1-2天。而杂交稻晒种后接着浸种，发芽率一般要降低5-10%，对于那些生活力弱的种子，晒种的负面影响更大。而且杂交稻忌冷水浸种，因冷水浸种会使种子受冻，导致发芽率下降，且恶苗病发生严重。用温水浸种时，水温不能太高，以36℃左右为宜。
二、要选种分级。杂交早稻种子，一般在种子收获季节会因天气影响而芽口较多，种子的整齐程度与常规早稻会有不同，因此，对杂交早稻种子中的芽谷、半壮谷一定要单独选出，与饱满种子分别浸种、催芽及育秧，有利于利用稻种和培育壮秧。选种分级的方法是：每50公斤种子用黄泥15公斤，兑水50公斤，也可加入硫酸铵1-2公斤，搅拌均匀后将种子倒入溶液中，再将浮在上面的种谷捞出另装，分别洗净即可。
三、忌用高浓度强氯精液浸种。高浓度的强氯精会强烈抑制种子发芽。用强氯精浸种消毒，一般用10克强氯精兑水5公斤，浸种3.5公斤，浸泡8小时左右；或者用80%抗菌剂“402”5克兑水5公斤，浸种3.5公斤，浸泡10小时。上述两种药剂在浸泡种谷之后，均要用清水洗净种谷后再催芽。
四、忌浸种时间过长。杂交早稻种子若浸种时间过长，会造成种子缺氧，妨碍种子的正常呼吸，使种子胚部细胞遭受损害，降低生活力，不能长成壮苗；浸种时间过长，还会破坏细胞膜结构，当水分大量涌进细胞时，使细胞内部水溶物加速外渗，给微生物的活动造成有利条件，导致杂交早稻种子糖发酵而丧失发芽能力。因此，杂交早稻种子采用温水浸种不能超过12小时，应采用一浸多洗法，即先用30-35℃的温水保温浸种12小时，然后上堆催芽（注意保温），以后每天洗种3-4次，每隔5-8小时用温水洗1次。注意装种子催芽的器具要能漏水。
五、忌高温破胸。杂交早稻种子怕热，高于37℃时就会严重抑制种子发芽，高于40℃时种子发芽会被完全抑制。因此，每隔5-8小时洗1次种就是防止种子发烧造成高温。洗种同时具有给种子供水等作用。因此，杂交早稻种子最好采用保温催芽方法。其方法有温室催芽法、地窖催芽法和煤灰催芽法等。煤灰催芽简单易行，其操作方法是：浸种后用温水淘种，以提高种子温度，然后与煤灰拌和催芽。所用煤灰要选用烧过不久的新鲜煤灰，要过筛去掉粗粒和杂质，并用开水均匀淋湿至手捏成团、抛之即散，趁热与种谷拌和成堆或装入适当的容器（如箩筐、木桶等），外面用稻草、木屑等保湿材料覆盖和用薄膜包裹。一般是5公斤煤灰拌种谷4-5公斤。催芽一昼夜即可长出根芽，以后再翻拌1-2次，即可连同煤灰一起播种。
