在选育自交系的过程中，有的自交系其它性状都很好，配合力也高，但在某些方面存在一个或两个方面以上的缺点，则可采用一些方法进行改良，使它原来的优良性状和高的配合力保持下来，而不足的方面得到改良。通常采用以下几种方法改良：
（1）系谱法：把需要改良的自交系与具有互补性状的另一自交系杂交，使另一自交系这方面的优点传递过来，然后将它们的后代采取系统地连续自交，在其分离的系谱中，选择和培育所需要的自交系。如有些自交系抗倒伏和抗病力差，不够早熟等，都可以用此法改良，效果较好。
（2）回交法：如某一自交系存在一个或两个方面的缺点，通过另外一个自交系把所需弥补的性状转育过来，同时又能保持原来系的配合力的一种方法。例如，某一自交系有多方面的优良性状，但易感染某种病害，这样可选择另外一个抗病性强的自交系与之杂交，然后在其后代中选择抗病植株再与两个自交系中的其中一个进行回交，回交的代数主要看其后代是否已将需要弥补的性状结合过去，直到符合要求为止。这样经过若干代回交后，再自交一次，就可以选得优良而抗病的改良自交系。
（3）双回交法：也叫聚集改良法。即用双重的回交法同时去改良某一个双交组合中的两个自交系，而又不降低其配合力的一种方法。例如，在双交种（甲×乙）×（丙×丁）中，甲和乙的配合力很高，但其生活力较弱，产量较低，这样需要改良甲和乙时，可以将（甲×乙）F1分别和两个亲本自交系回交若干代，在每次回交过程中，应注意选择生长健壮、具有非轮回亲本的优良性状的植株与轮回亲本回交，经回交3－4代，待性状整齐一致后再自交一次，就可选得改良的自交系甲乙和乙甲。
