甜瓜种子表面甚至内部都可携带多种病原菌，成为幼苗及成株的侵染来源。因此，播种前须进行种子消毒。常用的方法有以下几种：
一、温汤浸种：将相当于种子体积3~4倍的55°开水，倒入盛有种子的容器内，不断搅拌，待水温冷却到25-30℃时停止搅拌，浸种6-8小时。该方法简便、适用，不仅能杀死种子表面的病原菌，而且有促进种子吸水的作用，但对种子内部的病菌杀灭不彻底。
二、药剂浸种消毒：将种子放入配好的药液中来杀菌消毒。常用的药剂有25%苯来特可湿性粉剂500倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1小时；或用0.3%福美双拌后播种，或用10%磷酸三钠浸种20分钟。药剂浸种要求准确掌握药剂浓度和浸种时间，浸种完毕后，取出种子要用清水冲洗干净，否则会影响种子发芽率。
