1.番茄灰霉病。为害花、果、叶及茎，一般花部先被侵染，然后向果面扩展，致使果面呈灰白色，变软腐烂，长出大量灰绿色霉层；叶片多从叶尖开始发病，病斑呈“V”字形向内扩展，初呈水渍状，后逐渐干枯并发生灰霉，终致叶片枯死；茎染病，开始呈水浸状小斑点，后扩展为长椭圆形或长条形斑，湿度大时病斑上长出灰褐色霉层。
防治措施：①加强管理，采用通风、放风、滴灌等措施降低棚内湿度，防止结露。②人工摘除病果、病叶和侧枝，带出棚外深埋处理，防止人为传播病菌。③发病初期喷50%扑海因可湿性粉剂1000—1500倍液，或40%施佳乐悬浮剂1000倍液，或2.5%适乐时1500倍液等，在连阴雪雾天气下，可采用烟雾剂熏蒸，降低棚内湿度。
2.番茄叶霉病。为害叶片，使叶面产生椭圆形或不规则形淡黄色退绿斑，叶背面初生白色霉层，后变为灰褐色或黑褐绒毛状。病情严重时，叶片卷曲，植株干枯，果实不能正常着色，成熟。
防治措施：①采用通风换气等措施控制湿度，抑制病害发生。②发病初期采用75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或10%世高水分散粒剂800～1500倍液喷雾。连阴天气用烟雾剂熏蒸效果较好，可用45%百菌清烟剂每亩250克，熏一夜即可，次日清晨放风。
3.番茄早疫病。又叫轮纹病，苗期至成株期均可染病，可为害叶、茎、花、果。叶片染病，初呈小黑点，后发展为不断扩展的轮纹斑，边缘多具浅绿色或黄色晕环，中部呈同心轮纹；茎部染病，多在分枝处产生褐色至深褐色不规则圆形或椭圆形病斑，表面生长灰黑色霉状物；青果被害，始于花萼附近，初为椭圆形褐色或黑色斑，凹陷，直径10—20毫米，后期果实开裂，病部较硬，密生黑色霉层。
防治措施：①调节棚内温湿度，使相对湿度低于80%，抑制病害发生。②发病初期喷10%世高水分散粒剂1000—1500倍液。
4.番茄晚疫病。幼苗、叶、茎和果均可受害，以叶和青果为主。叶片多以植株下部叶尖或叶缘开始发病，初为暗绿色水浸状不规则形病斑，扩大后转为褐色，高湿时叶背病健交界处长出白霉；茎上病斑是黑褐色腐败状，导致植株萎蔫；果实染病以青果为主，病斑初呈油浸状暗绿色，后变为暗褐色，边缘明显，云纹不规则，(www.nczfj.com)一般不变软，湿度大时，上生少量白霉，迅速腐烂。
防治措施：①控制湿度，抑制病害发生。②发现病株后，可用10%科佳悬浮剂2000倍液，或72.2%普力克水剂800倍液，或72%克抗灵可湿性粉剂600—800倍液喷雾防治。也可用45%百菌清烟剂每亩250克熏蒸。
5.番茄茎基腐病。主要为害大苗或定植后番茄的茎基部，病部初呈暗绿色，后绕茎基或根茎扩展，致皮层腐烂，地上部叶变黄。后期病部表面形成黑褐色大小不一的菌核。
防治措施：①做好苗床的土壤消毒工作。②定植后发病初期用72.2%普力克水剂800倍液，或15%恶霉灵水剂450倍液喷淋。
6.病毒病。番茄病毒病主要有3种表现类型：一是蕨叶型，番茄小叶退化，形似蕨叶，叶肉薄，叶缘向上呈筒状卷起，节间变短，枝叶丛生，生长受限；二是花叶型，叶片上有轻微斑驳或明显花叶，新叶小，叶脉紫色，植株短小，果面有花斑；三是条斑型，叶片染病后产生茶褐色小点或云纹，病茎初生暗绿色稍下凹的短条纹，随着病情发展，形成褐色油渍状坏死病斑。果实受害后表现为畸形，有油渍状凹陷坏死斑，失去食用价值。
防治措施：①选种抗病毒病品种，药剂浸种、培育健苗壮株、防蚜灭蚜、清理田园。②早发现、早隔离。管理上要采取隔离措施，在进行绑蔓、打杈等植株调整作业时，对病株可暂不管理，先处理正常株，最后再处理病株，避免人为传播。③常用的药剂0.5%氨基寡糖素水剂、高锰酸钾、抗毒剂l号和菌毒清等。喷药时对病株（区）要重点喷施，实行隔离管理。
