不同的抗菌药各有其不同的适应症。青霉素类、四环素类、氯霉素、红霉素等主要对革兰氏阳性菌引起的疾病，如猪丹毒、破伤风、炭疽、马腺疫、链球菌性炎症、败血症等有效；氨基甙类、氯霉素等对革兰氏阴性菌引起的疾病，如巴氏杆菌病、肠炎、泌尿道炎症的效果不错；耐酶青霉素是对耐青霉素G金黄色葡萄球菌所引起的呼吸道感染、败血症的首选药物；庆大霉素、多粘菌素类等对绿脓杆菌引起的创面感染、尿路感染、肺炎、败血症等有效；磺胺类药物主要对大多数革兰氏阴、阳性细菌如链球菌、肺炎球菌、沙门氏菌、化脓棒状杆菌等均有较高的抑制作用。
选择合适的剂量和疗程
抗菌兽药在使用时，要选择好所用的剂量和适宜的疗程。一般开始治疗时可选用较大剂量，待血药浓度达到较高程度后，再根据病情酌减剂量。药物的疗程可视疾病类型和患畜病况而定。急性感染的病例其疗程不宜过长，在感染控制后3天左右停药。对于一些慢性感染的病症则应适当延长疗程，以巩固其疗效。否则盲目加大剂量会造成药物和经济上的损失，还可使患畜产生不良反应。若用量不足或疗程过短，则起不到治疗作用，使细菌产生耐药性。
联合用药可发生拮抗作用
联合用药如果选择得好，即可获得协同和累加作用，以提高其疗效，减少抗菌药物用量，减小毒性反应；如果选择得不好，则可能出现拮抗作用。所以联合应用抗菌药应选择最佳的药物联合。一般情况下两种抗菌药联合应用，特殊情况下选3种或3种以上的药物联合应用。但在联合用药时应注意可能出现的配伍禁忌。
1、在输液中，有些药物混合后常出现浑浊、变色、沉淀及降低抗菌活性。如青霉素G不宜与四环素类、氨基甙类、多粘菌素E、两性霉素B、磺胺药钠盐及碳酸氢钠、氨基酸、维生素C、去甲肾上腺素、氯丙嗪等联合静脉注射。
2、四环素类与多种药物都有配伍禁忌，适宜单独静脉注射给药，不宜与含铁、钙、铝、镁、锡等药物或饲料同服，因可形成不易溶解的复合体而影响吸收；也不宜与碳酸氢钠同服，因后者可使pH值升高而降低其溶解度。
3、两种药物合用时，可引起毒性加剧。如氨基甙类与头孢菌素类合用，可引起急性肾小管坏死。
明确临床指征避免滥用药
根据临床诊断、患畜全身状况及感染的轻重选择合适的抗菌药。
1、诊断为病毒病或已被病毒感染的不宜应用，因为一般抗菌药，特别是抗生素都无抗病毒作用。
2、患畜发热原因不明不宜应用，因使用后可使病原微生物不易被检出，由于临床表现不典型而影响正确诊断或延误及时治疗。
3、尽量避免皮肤、黏膜等局部应用，防止发生过敏反应或引起耐药菌产生。
