番茄育苗播种前，对种子进行必要的消毒处理，是防病增产的重要措施。
1.温汤浸种：(1)先将种子放入50℃的温水中浸泡25分钟，再放入凉水中冷却，然后催芽播种，可以预防番茄斑枯病和枯萎病；(2)先将种子放入52℃的温水中浸泡30分钟，再放入凉水中冷却，可以预防早疫病、叶霉病和溃疡病；(3)先将种子放入55℃温水中浸泡10分钟，再放入凉水中冷却，然后催芽播种，可以预防番茄黑斑病。
2.药剂拌种：用50%克菌可湿性粉剂按种子量的0.3～0.5%拌种，可以预防番茄枯萎病。
3.药液浸种：(1)先将种子用清水预浸3～4小时，再放入10%磷酸三钠溶液中浸泡20～30分钟；或者将种子先用肥皂水反复搓洗，再放入0.1%高锰酸钾溶液中浸泡10～15分钟，捞出用清水洗净后催芽播种，可除去附着在种子表面的花叶病毒；(2)先将种子用清水预浸3小时，再用100倍福尔马林溶液浸泡20分钟，捞出洗净后催芽播种，可以预防番茄早疫病；(3)先将种子用冷水预浸6～15小时，再移入1%硫酸铜溶液浸种5分钟，捞出洗净后催芽播种，可以预防番茄黑斑病。
