什么样的棉花种子才算是好的棉花种子呢？棉花种子在选用时应遵循怎样的原则？以下十点供参考。
一要选择经省级以上农作物品种审定委员会审定的品种。二要看清审定品种编号和界定的种植范围。三要看品种是否有生产许可证、经营许可证、检疫证。四常规抗虫棉原种纯度要达98%以上，杂交抗虫棉F1的纯度要达95%以上，尽量选用杂交F1，不用杂交F2。五要对植棉面积较大的农户，引导他们选用1~2个当地主推品种。六要选用一定的双价（含两个抗虫基因）转基因抗虫棉品种，因为双价转基因抗虫棉抗虫性更加稳定、持久。
有些棉籽不适合做种子。感病严重的棉籽，枯、黄萎病是制约棉花产量的顽症之一，棉籽又是病菌的载体。因此，枯、黄萎病严重地区的棉种，不能调入感病轻的棉区，更不能调入无病棉区。
伏前桃和晚秋桃棉籽。伏前桃和晚秋桃生长发育不良，成熟度差，铃重轻，种子发芽率低，长势脆弱。
剥桃花的棉籽。有些棉农对发育较为充分的伏桃，仍然有抢墒剥桃花的陋习。凡剥桃花的棉籽，由于没有充分成熟，更没有完成后熟作用，绝对不能推向市场。
喷施了乙烯利的棉籽。喷施乙烯利虽可促棉花早熟3~4天，但对棉籽损伤较大，致使发育不全，不能做种。
退化严重的品种。棉花是异交作物，异交率在8%左右，有些棉农多年不更换新的品种，棉种纯度只有70%~80%，继续使用必将导致减产。
与农药、化肥一起存放的棉籽。有些农户将棉籽与农药、化肥长期存放于一个仓库内，且通风不良，由于农药、化肥散发的有毒气体会损伤棉籽正常的生理，造成发芽率锐减。
储存年代过久的棉籽。棉种存放半年一般发芽率在80%以上，在无低温冷藏设备的情况下，棉种的寿命与储存年代呈负增长。
水泥晒场上晒过的棉籽。在水泥晒场上晒含水量较高的棉籽，由于棉籽呼吸强度旺盛，造成棉种生理机能失调，部分棉籽形成哑籽，失去发芽能力。
机械损伤过重的棉籽。精加工的包衣棉种中，机械损伤率应控制在2%以内。破籽率超过2%以上的棉籽，受药物浸染过重，对发芽率影响很大，不宜于作种用。
