以防为主的综合防治措施轮作
轮作可能会改变原来的栽培茬次和栽培计划，易被许多人忽略。其实，轮作的作用是基础性的，甚至是决定性的。如果1～3年周期的轮作难以实现，至少也要避免年内连作，当然，采取适合本地区的复种制度是最好的选择，比如，在洛阳温室中可采取冬芹菜一早春黄瓜一夏豆角一秋延迟番茄的四作四收高效模式。
选取抗病品种
如西粉3号B型、苏抗5号、苏抗11号、满丝、粤胜、强丰等品种，抗（耐）药性都不错。同等条件下，易选取早熟、窄叶的番茄品种，有资料显示，这类品种发病较轻于高株、大秧、大叶品种。
种子处理
茄链格孢菌可附在番茄种子上，但不耐热，52～55℃的热水20min即可杀死它。如果干热消毒，72℃下干热72h效果更好。另外，也可用100倍福尔马林液浸泡20min，效果也不错。
棚室消毒
及时清除田间病残体，进行消毒，通常用45%百菌清烟剂250g/667平方米熏蒸。若是秋茬栽培，可结合进行闷棚，连闷3d，温度达到60℃时，持续1～2d即可。
营养土配置
肥沃田园土∶有机肥=6∶4过筛，每立方米加入过磷酸钙1～2Kg，草木灰5～10Kg，磷酸二铵1～1.5Kg，50%多菌灵粉剂80～120g或5%百菌清粉剂120g。播种后，用百菌清与多菌灵混合药土8～10g/平方米作盖土（药土配制方法为：1份药剂与30份细土掺匀后即可）。
巧治措施
生态防治
早春茬定植时，昼夜温差大，相对湿度大于80%，利于早疫病的发生与蔓延，应重点调控好温湿度，尤其定植初期。浇水后及时放风，有条件的可采取暗灌或滴灌形式，连阴天要加强管理，预防雨水倒灌。另外，种植密度不可过大，灌水不可过多，基肥要施足。
化学药剂防治
早疫病易防难治。因此，应重“防”巧“治”。定植前用1∶1∶300的波尔多液对幼苗喷淋，然后再定植，这样，既节省农药与时间，又有较好的防治作用。7～10d后再喷1次。如果已经发病，则可选用50%扑海因可湿性粉剂1000～1500倍，80%大生可湿性粉剂600倍液，50%里利得可湿性粉剂800倍液，70%代森锰锌500倍液进行荮剂防治。遇连阴天，可用45%百菌清烟剂250g/667平方米或5%百菌清粉剂1000g/667平方米，9天1次，连喷（施）3～4次。此外，瑞枯霉900倍喷雾，防效可达86.4%，而由重庆神农公司推出的防旱疫混合液（圣农素1袋10g＋硫酸铜25g＋食盐50g＋食醋100g＋水15Kg）效果也更好些。防治窍门化学防治时，如品种抗药性较强，药剂浓度可适当加大，但一般不要超过理论浓度的 2倍药液。今交替用药往往比单一用药效果明显，代森锰锌在实际应用时表现不稳定，与扑海因交替使用，效果更好。另外，日本或德国的药剂效果要优于国产药剂，这主要因为其成分更复杂一些，可杀灭更多的生理小种。若种植面积不大，病斑不是特别多时，可用50%扑海因可湿性粉剂配成180～200倍油剂，涂抹病部，效果更好。该病的病原菌最佳发育温度26～28℃，与番茄生长白天要求的温度区段重合，但该病原菌还要求必须是在高湿环境下病原菌才能萌发，其分生孢子亦是随气流、雨水传播，故控制温室的高湿环境有利于抑制早疫病发生。今为提高植株抗病性，通常喷施以KH2PO4为主要成分的叶面肥，一般在上午9∶00左右喷施，然后迅速通风排湿。早疫病常始发于结果初期，盛发于结果盛期，为避免减产，可在防治同时用0.1%的乙烯利处理，进行催熟，发病严重的可摘下青果用0.2%乙烯利涂抹或浸泡催熟，从而减轻病害对产量的影响。
