据观察，一般野生黄鳝在体长24厘米以下时都是雌性，体长42厘米以上的黄鳝都是雄的，24-42厘米之间的黄鳝有雄的也有雌的。人工养殖的黄鳝由于营养供应充足且品种有异，而出现超乎寻常的体长，故不能依靠以上标准来作大致判定，而应以年龄来作基本判定：一般两年龄以内的都是雌鳝，3年以上的一般都是雄鳝。雌黄鳝头部细小，不隆起，背部是青褐色，没有斑纹花点，有的时候能看见3条平行的褐色素斑；身体两侧从上到下颜色逐渐变浅，褐色斑点细密而且分布均匀；腹部呈浅黄或淡青色；腹部肌肉较薄，繁殖时节用手握住雌鳝，将腹部朝上，能看见肛门前面肿胀，稍微有点透明；雌鳝不善于跳跃逃逸，性情较温和。雄的黄鳝头部相对较大，稍微鼓起，背部一般由褐色斑点形成3条平等的带状纹，身体两侧沿中线分别可见1行色素带，其余的色素斑点均匀分布；雄的黄鳝腹部呈土黄色，个体大的呈桔红色，腹部朝上，膨胀不明显；解剖腹腔，未成熟的精巢细长，灰白色，表面分布有色素斑点，性成熟的精巢，比原来粗大，表面有形状不一样的黑色素斑纹。
