常有人把不能留种作为转基因种子的“罪状”。其实不能留种的种子并非都是转基因种子，不能留种的种子一些是采用了杂交技术培育的，杂交育种在农业生产上不仅极大地提高了粮食产量，还促进了整个种子行业的发展。
作物能否留种取决于育种方式，和转基因技术没有关系。好的种子意味着长出来的作物抗虫、抗病、抗旱、抗涝性强，产量高，育种产业的核心就是如何选育出拥有优良性状的种子。目前，世界上很多优良作物品种都是通过杂交育种的方式培育出来的，这些杂交种子有一个很显著的特点：就是它们的后代不适合再次投入生产中，也就是常说的“不能留种”。从技术角度来说，转基因作物也并不是都不能留种，只是在一些国家，由于存在法律协议，不让留种。
采用杂交育种方式最重要的原因是杂交育种可以产生杂种优势。杂种优势是指两个基因型不同的亲本杂交以后得到的后代优于亲本的现象。所谓亲本，比如你的父母就是你的亲本，而你是他们的子一代。这里所说的优于亲本并不是说杂交后代各方面都比亲本好，也不是指杂交后代一定会有满足人类需要的性状，杂交后代优势的表现还需要结合具体器官的具体性状来分析。因为杂交后代有这样的特性，人类在农业生产中广泛开展着杂种优势利用的实践。
现代人类在农作物上应用杂种优势最成功的案例无疑是杂交玉米。玉米除了有杂交优势，还有比较明显的近交衰退，和杂种优势正好相反，亲本基因型越相近，玉米越弱小低产。早期的杂交玉米生产中受制于玉米自交系（由单株玉米连续自交多代，经过选择而产生的基因型相对纯合的后代）的产量比较低，主要采用双交种——四个自交系亲本两两组合产生子一代后再杂交获得的种子。现在的杂交玉米基本都是单交种——两个自交系组合产生的子一代，目前我国单交种玉米的播种面积很大。其他还有诸如小麦、水稻、高粱、棉花等作物也有很重要的杂种优势利用研究和推广。
