木瓜采收后由于气候、病虫害和人为因素的不同，使新鲜木瓜采后损失很大。
一、采后损失与控制
木瓜采后由病菌引起的病害主要包括炭疽病和蒂腐病。其中炭疽病是木瓜产区普遍发生的采后病害。另外，蒂腐病是采后木瓜贮藏中的又一种最常出现的病害，除了上述病害外，还有褐斑病、干腐病、湿腐病和果腐病等。而采后处理主要包括热水浸果处理、蒸汽热处理和熏蒸处理，可有效减少炭疽病的发生。热处理后结合打蜡，可减少贮藏期间果实皱缩。
对于陆地长途运输和需要贮藏的木瓜果实则在使用热处理同时，必须配合杀菌剂和熏蒸联合处理，才可能获得良好的贮藏效果。杀菌剂可采用0.1％的特克多溶；木瓜采用熏蒸和热处理相结合可有效控制果蝇。即在热水处理之前或之后，采用二溴化乙烯按8g/m3用量在熏蒸室内对木瓜熏蒸2小时左右，如先热水浸泡，则在熏蒸完毕后须降温至25℃左右再熏蒸；反之，则在熏蒸完毕并通风后再热处理。 近年来，生产上还使用辐照处理结合热处理效果也不错。其不仅可杀灭果蝇，对炭疽病也有抑制作用，还可延长采后寿命。其做法是首先用48℃左右热水处理20分钟，然后在流动的冷水中降温20分钟，最后用750Gy的辐射剂量照射。如在热水中加入0.08％~0.10％的杀菌剂效果更佳。
另外，木瓜在贮温不适时也易发生冷害。木瓜在5℃，一些品种甚至在10℃贮藏时就会出现冷害症状，即果实不能正常后熟，表皮凹陷，果肉不能正常转色，果肉组织内部积水，对病菌感染抵抗力下降等，从而使产品品质下降，造成经济损失。因此在冷藏中应根据不同品种确定与之适宜的贮藏温度，并尽量减少贮存库温度波动。
二、常温贮藏
在生产地区和产地附近销售成熟的番木瓜，包装房或转运外的贮藏只是临时，库房只求达到通风良好，清洁卫生条件即可。因为贮藏期短而不要求有冷温条件，这样，在夏热冬冷的室温下，经营者必须根据番木瓜热天后熟快，容易腐烂，而冬天后熟慢的特点，合理组织销售。秋冬季采收的成熟果实，有时还需要用人工催熟方法加速果实后熟，以便应市。催熟方法是在每一包装箱内，放入纸包滴上水的电石小量，包封包装不让透风，经1～2日夜，果皮转为鲜黄，即可食品用。 此外，也可用2 000mg/l乙烯利加两片氢氧化钠处理，24小时内即可后熟。
冬季采收的番木瓜，当地较为冷凉的大气温度，有利于果实的贮藏，若要求北运到大气温度低于12℃以下的地区，则要求运输车箱具有防冷设施，以避免果实产生冷害。
三、低温贮藏
如果需较长时间贮藏，则应低温贮藏。即将经热水浸泡、熏蒸或辐照处理后的木瓜，尽快转运到大约13℃的贮库中贮存。在此温度下，木瓜一般可以贮存2～3周左右的时间，移到室温下后可正常后熟，不影响果实品质。另外注意低温贮藏木瓜最好在开始变黄的成熟阶段采收较合适，因为这个阶段果实对冷害敏感性较低。
与低温贮藏相结合的几个实验说明，低压贮藏可以减少番木瓜果实腐烂的发展，但仅是在抑制病菌的生长方面起到作用；其他一些气调贮藏是在低温下和1%～1.5%含氧量的控制气体条件下，获得延长为数不多的贮藏时间。这些实验都需要与传统的采后处理、热处理、杀菌剂处理和冷藏条件相配合，而附加的低压或气调实验提高了成本经费，故在商业实践上尚未使用。
四、包装运输
包装运输的木瓜宜选择大小一致、成熟度一致、重量为0.5~1kg的果实，采用瓦楞纸箱包装，每一个果实均套袋，果蒂向下，间填以纸纤维或木纤维等填充物，并每一包装中不宜超过两层；大批运输时，也可采用有衬垫的木箱或坚实的竹筐包装。
