随着小麦生长进入抽穗期，多种重要病虫害也进入了盛发期。其中尤以病害种类多，危害最为严重。依据发生部位，可以分为穗部病害、叶面病害和基部病害。在小麦生长后期，防治病虫害最有效的方法是采用化学农药进行应急防治。在开展病虫害化学防治时，首先要选择高效、低毒、低残留、选择性强的农药，其次是适时采用正确的施药方法进行防治，确保农药的安全、高效使用。
发生在穗部的病虫害主要是赤霉病、黑穗病、颖枯病和麦蚜，导致枯穗和千粒重下降，不仅可以引起严重减产，而且赤霉病菌还可以产生真菌毒素污染小麦，应引起高度重视。除了黑穗病只能够在播种之前采用三唑类杀菌剂如苯醚甲环唑、戊唑醇等内吸性杀菌剂进行种子处理才可以防治以外，赤霉病、颖枯病、麦蚜等可以在抽穗扬花期和灌浆期用药防治。防治赤霉病和颖枯病可以在齐穗至初花期，每亩用25%氰烯菌酯悬浮剂（SC）新型杀菌剂100毫升、或者30%戊唑醇加福美双（戊福）混剂90-100克、或者40%多菌灵SC100毫升，对水40-50公斤常规喷雾，或兑水20公斤弥雾、静电喷雾防治，以弥雾和静电喷雾效果最佳。必须注意的是，如果喷水量不足，防效将显著下降。防治麦蚜可以在发生初期选用10%吡虫啉可湿性粉剂（WP）杀虫剂20-25克/亩喷雾防治1-2次。
小麦生长后期的叶面病害主要是锈病（条锈和叶锈）及白粉病，可以在抽穗前选用20%戊唑醇或丙环唑悬浮剂（SC）20-40毫升，或15%三唑酮可湿性粉剂（WP）60-80克，兑水喷施，水量与防治穗部病害相同。在小麦生长后期连续喷施高效、低毒、选择性强的三唑类农药，既可以防治小麦赤霉病、颖枯病、锈病和白粉病，挽回产量损失，又可以有效控制赤霉病菌产生的毒素污染，同时还可以促进小麦生长、增强光合作用、抗干热风和延缓衰老，显著提高小麦产量。
小麦生长后期的基部病害主要是纹枯病和全蚀病，可引起小麦早衰甚至植株枯死。这两种病害主要发生在植株基部，在小麦生长后期很难用杀菌剂进行防治，因为难以把药剂施到发病的小麦茎基部，即使选择内吸性杀菌剂，也不能在小麦体内向基部移动，所以应该通过控制田间湿度，减轻病害发生。
