1.灰霉病
是温室番茄的主要病害，发生普遍且严重。从萎蔫的花冠基部最先发病，长出霉层，然后发展到叶部、果实、茎部，出现水渍状大型灰褐色病斑，潮湿时病部长出灰霉。靠气流、雨水传播，阴雨天放风不良，相对湿度80%以上，适温20～25℃，发病严重。
综合防治方法
①选用抗病品种，如金棚1号，上海合作908等。②合理轮作，夏季高温闷棚。加强放风，降低棚内湿度，发病初期适当控制浇水，及时摘除病叶及下部老叶，带出室外深埋或烧毁。③发病初期，喷施50%速克灵或扑海因100倍液，或50%多菌灵或托布津500倍液，7天左右喷洒一次。
2.晚疫病
又称疫病，受害时温室番茄比露地严重。主要危害叶片和果实，植株下部叶片先发病，叶尖或边缘呈现不规则的暗绿色病斑，湿度大时，叶背面病健交界处生一圈白色霉状物。果实发病多在果实未着色前近果柄处果面开始，呈不规则水渍状，后期为褐色。田间形成中心病株后，靠气流和雨水传播，连阴雨天气，低温高湿，种植密度大，偏施氮肥，均易造成晚疫病大发生。
防治方法
①选抗病品种，与其他作物实行3年以上轮作。②种植密度不宜过大，改善通风透光条件，降低室内湿度。③化学药剂防治用瑞毒霉600～800倍液，乙磷铝或疫霉灵200～250倍液，75%百菌清500倍液，交替喷施，7天喷一次，连续2～3次。
3.病毒病
温室番茄普遍发生的一种病害，有花叶型、条斑型、蕨叶型、花叶型危害较轻，有一定产量，条斑和藏叶型造成叶片狭窄扭曲畸形，植株矮化，危害大甚至无产量。发病适温20～25℃，干旱缺水缺肥发病重，蚜虫、白粉虱、机械作业、接触传播。
防治方法
①种子处理，10%磷酸三钠液浸种20min。发现病株及时拔除带出室外。②用扑虱灵、快猛、蚜虱净、吡虫啉等防治蚜虫和白粉虱，早晨温度低，白粉虱不宜飞起，喷药防治效果好。③分期喷洒病毒抑制剂，如0.3%磷酸二氢钾、植病灵以及20%病毒A、83增抗剂，全生育期3～4次，预防为主。
4.枯萎病
又称萎蔫病，连作温室发病重，开花期和结果期开始发病，先从下部叶片发黄枯死，逐渐向上蔓延，枯叶不脱落，创开根茎基部，维管束变褐色。属土传病害，靠地面流水传播，适宜发病的温度为24～30℃。
防治方法
①选用抗病品种，合理轮作，培育无病壮苗，将病株病根清除干净带出室外深埋。②用化学药剂防治线虫，发病前药液灌根，用50%多菌灵500～600倍液，或10%双效灵200～300倍液，每株0.25～0.5kg药液，10天灌一次，连灌3～4次即可。
早疫病
为番茄叶片上的重要病害，多发生在结果期，危害叶片、叶柄、茎及果实，严重时落叶断枝，叶片上椭圆型病斑有同心轮纹，潮湿时，病斑上长出黑色霉状物。茎部被害多发生在分枝处，病斑椭圆型。靠气流、雨水、昆虫传播，室温26～30℃，相对湿度80%以上，高温高湿有利于发病。
防治方法
①定植密度不宜过大，双高垄地膜覆盖栽培，暗浇水，注意通风，降低湿度，增施磷钾肥，提高植株抗病力。发现病叶病果及时摘除带出室外。②早疫病病菌抗药性较强，以预防为主，发病前用70%代森锰锌500倍液，50%多菌灵500～800倍液，或50%扑海因1000倍液喷洒均匀，10天一次，连续4～5次，预防效果好。
