水双孢菇生产中必不可缺的因素，自覆土后直到出菇，科学合理进行水分管理，对于确保菌丝健壮活力、出菇数量及出菇一致有着重要作用。
首先要适时喷好“压菌水”。当床面覆土层有菌丝冒出，说明菌丝已发至料底并在土层内已充分发好，已具备了结菇能力，此时应适时喷压菌水。方法是：加大通风，使土面菌丝倒伏；并根据土层发菌情况掌握喷水量，一般每平方米1千克左右，分为早晚各一次进行，达到使土层厚度的1/2洇透水的目的即可。喷水后，菌丝不再钻出土面，并结合通风，使土表失水、略有发白现象，菌丝在土层下横向生长、连结，并达到生理成熟，向生殖生长方向过渡。
第二要重喷“结菇水”。结菇水在压菌水3天后喷施。根据培养料含水及覆土层含水状况，按每平方米3千克左右用量分4次喷入，直到覆土层湿透水但无下渗水为准。土层未湿透，说明水量不足，土层有水渗入基料，说明用水过多，可能会对以后的出菇发生不利影响。喷结菇水时，应加强通风，有条件的应采取强制通风措施。2～3天后可见有小菇蕾现出。
第三要足量喷施“出菇水”。出菇水的用水量与喷洒方法与结菇水相仿。此时已有菇蕾现出，注意水温要尽量与棚温相仿，不可使温差过大；有菇蕾的地方应多次、少喷，总量要足，但仍应注意土层中不要有水渗入基料，这一点非常重要。
第四要喷好“维持水”。每天应根据天气的阴晴、温度、通风等情况掌握喷水次数及用水量，保持空气湿度90%左右，使覆土面基本湿润。随着子实体的不断长大，喷水次数及用水量也应不断增加，至菌盖直径1厘米时，可直接喷施食用菌三维营养精素溶液，10月份每天喷一遍，10月中旬以后，可间隔一天喷一遍，并根据棚内湿度向子实体喷水。
